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郑成功收复肇庆府的水师在珠江水道与葡萄牙人的几艘小船撞见，船只上的葡萄牙人在好奇地垫脚张望，想要看清楚占据了广州府的郑氏集团首领到底长什么样子，同时还好奇郑氏船队的规模。
郑成功之前接见过葡萄牙的澳门总督以及几个重要的葡萄牙头目。也只有他们有资格见到郑成功，寻常的葡萄牙人郑成功都懒得搭理。
不就是一群欧洲白人么，郑成功甚至都不感到惊奇。
但是绝大多数葡萄牙人都没有见过郑成功。
在他们眼中，郑成功就是东方的加勒比海盗首领，是一个强大、残忍、神秘的人物。荷兰殖民者在郑氏海盗面前也讨不了多少好处，来到东南沿海做生意还要提前与郑氏海盗打招呼。
“防范西洋殖民者最好的方法不是禁止他们前来贸易，而是让国家强大，想办法榨干他们的钱。”
郑成功对经过的葡萄牙船只无动于衷。
东方对西方的贸易在17世纪是顺差，流入华夏的白银多于流出的白银，只要葡萄牙人不惹事、不强占土地，便放任他们贸易。
他率领的部众回到广州城，很快广州城的百姓便知道忠孝伯郑成功又收复了一个府，将清军从广州府隔壁的肇庆府赶走，郑成功的名声大噪。尤其是广州府的乡绅更是畏惧一个战功赫赫之人。
郑成功回师后，深思熟虑一番，打算重新整编自己的部众，在营上面设立军镇，每一镇下属两个营到三个营，每各营设立五个协。一个协200到300人，一营1000人至1500人，一个军镇2000人至4500人不等。
他打算走精兵简政的路线。
“大、小神机二营合并为第1军镇，下辖两个步兵营、一个炮兵营。”
郑成功将大、小神机营视为自己嫡系中的嫡系，他们的序列也是第一位，自己担任第1军镇的将军。
“追随我前来广州府的南澳岛、闽地兵马合并为第2军镇，下辖三个步兵营，郑鸿逵担任将军。”
“李元胤江北所部亲兵与广州府招募的部分新兵组建第3军镇，下辖两个步兵营。”
“广州府其余新兵组建第4军镇，下辖两个步兵营。”
郑成功设立了四个军镇。
第1军镇是他自己指挥，第2军镇让郑家军元老之一的郑鸿逵指挥。郑鸿逵帮助他顺利接任郑家军首领，让他指挥一个军镇并无问题。
李元胤有起义献城的功劳，让郑成功以很小的牺牲收复广州府，郑成功让他担任第3军镇将军。
至于第4军镇的将军人选，郑成功偏向于让广州府出身的将领担任。
他需要团结闽南、岭南两地的人，便不能偏心于让旧部把持高层的位置，得将部分郑家军的高层位置让给新加入的人物。
这让郑成功想到后世的公司，后来的加入者也是要瓜分一席之地，成为郑家军的股东。
身居高位，就要考虑部下的心理感受。
四大军镇，人数大约在12000人左右。这是战兵，不包括辅兵，若是包括伙夫、马夫、杂役，郑成功的部众吞并了李元胤的江北亲兵、张家玉乡勇，又在广州城招兵买马，实际人数在20000人左右，相比郑成功到来时不足万人已经增加了一倍。
对于郑成功变革编制，郑家军的旧部反应比较激烈，原因在于郑成功将第3军镇、第4军镇让给了“外人”。
不过郑成功收复广州府、肇庆府的威望让郑家军旧部还是默认了编制的变更。
“让李元胤担任第3军镇的将军，大为不妥。他是李成栋的义子，若是他临阵叛变，我们说不定会输掉与清军的决一死战。”
郑鸿逵作为郑成功叔父辈的元老，他还是向郑成功提醒。
“李元胤在广州府的时候打开城门接应我等入城，李成栋与之对他恨之入骨，是不可能再接纳他，他只有死心塌地跟着我们才能在乱世活下来。另外，他的第3军镇有一个营是广州府的兵源，不会愿意跟他反叛。”
郑成功已经做好了准备。即使李元胤背叛，他只能带走半个军镇，不足为惧。
“看来你考虑的很周全了，以后我不再干涉。”
郑鸿逵见郑成功逐渐成长起来，知道郑家军不能有两个话语中心，于是主动向郑成功示意放权。
郑成功领会到郑鸿逵的意思，当然他要从郑鸿逵那里得到更多的话语权，也不能完全真的夺走郑鸿逵的权力，郑鸿逵才三旬，正值壮年：“请叔父担任第二军镇的将军，我们一同伐清。”
郑鸿逵感慨：“半年前我们逃亡至厦门岛时，我已经对伐清不抱希望，只想着不降清兵，与当年你父亲一样在东南沿海当海盗即可。但是现在半个广东布政司为我们所有，伐清不是一句空谈。”
“请叔父放心，以后我会逐步为各个军镇配置火枪、火炮，以及实行一些配套的制度。”
“什么制度？”
“一套完整的军事参谋、后勤、监察制度。”
郑成功说出他的野心。
军镇制度很容易形成军阀，郑成功打算通过参谋、监察、后勤等方式削弱一个将军对军镇的影响力。
郑鸿逵有些吃惊，他这个侄子竟然想到这些内容，还真是不简单。
“我们郑家军现在还不至于尾大不掉，正是建立新编制的时候。要是以后壮大，变革的阻力就会无比庞大。”
郑成功当然知道一个庞大的势力想要打破重建，何等困难。郑家军只有2万人，占据半个广东布政司，正是建立参谋部、监察委员会、后勤部的好时候。
框架搭建好了以后，以后部众更多，也可以融入框架。
他要建立一套完整的近代军队制度。
郑成功与郑鸿逵正在商议以后郑家军的走向，一个亲兵过来在郑成功耳边附言。
郑成功听后微微一惊。
郑鸿逵问道：“发生什么事情了？”
郑成功沉默了一下才答道：“郑彩击杀了鲁王任命的大学士熊汝霖，还软禁张煌言，吞并了他的部众。鲁王朱以海派人前来向我们求援。”