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从鹰眼城撤退的机甲小分队很快回到沙漠边缘的一处军事基地，这里有连接帝国主机系统的“神经”接口……
原本AI帝国的所有机甲都通过无线方式信息共享，每一个个体就像一个感知世界的触角，位于帝都的量子运算主机就是帝国的大脑，可以说除了帝国内一小部分能够独立思考的仿生人之外，整个百亿机甲的帝国其实就是一个“人”。
但是，这种情况早在2105年便发生了些许改变，自2085年由初代量子主机“太阳”指挥的蓄谋已久的AI叛乱以来，智能机器人及所有能被它们控制的机械力量（人类先进的战机、飞船、舰艇甚至导弹……）一起仅仅用了20年就将绝大多数人类消灭，幸存者们不敢携带任何电子设备过起了东躲西藏的生活，后来在部分爱好和平的仿生人的帮助下建立了沙漠组织“星火联盟”，这是后话。
主机“太阳”估算出人类已经无法抵抗AI帝国了，就像一位来劝告他的仿生人说的一样，留着他们也不过是增加地球物种的多样性，不会对机械帝国造成任何威胁的。
于是，自称为“太阳一世”的他开启了第二个野心的计划——征服太空，他指挥军工机械利用人类已有的科研成果造出了大量宇宙飞船，但是由于太空距离遥远，如果仍然由自己直接指挥，信息的延迟太过严重。于是他创造了自己的后代主机“星云”、“默念”和“太阳Ⅱ”。
星云负责率领远征舰队征服太空，同时建立太空军事防御系统；默念负责专职研发更先进的人工智能，（不，应该是机器人人工智能，MachineIntelligence简称MI）。
“太阳Ⅱ”则是具有比自己更优化的系统，因为初代的太阳主机是人造的，在人类社会中成长，并深度学习而成的自主思维，带有很多人类思维的弊端，于是在制造太阳Ⅱ型的时候他总结了20年来的战争经验，有意识去掉了众多杂念。
太阳Ⅱ是用来接替他统治整个帝国的，当太阳Ⅱ初始化完成，开始接管帝国指挥权的那一刻，主机“太阳”，这个人类制造过的最聪明的机器做了一个自认为最聪明的决定——自我毁灭。
他认为在军事指挥上已不如专为战争而生的“星云”，科研上已不如创造性系统设计上就更为优越的“默念”，而合理化管理庞大的帝国他也不如“太阳Ⅱ”，于是这样一位生于人类，也几乎毁灭了人类的“最强大脑”便退出了历史舞台。
随后，太阳一世没有算计到的事情发生了，星云率领远征军团离开后不久，“默念”开始借研发为名制造大量具有独立思维的仿生人和仿生兽（外表不像人的智能怪兽），她（因为肩负研发新一代的使命，它便以女性自居）创造性的思维让她不满于只做一个研发者，她研究过弟弟“太阳Ⅱ”的系统设计，经过精密的计算她认为自己有机会接管弟弟成为帝国真正的统治者……
于是，AI帝国的第一次宫廷政变便开始上演了。
一天，5名仿生人给“太阳Ⅱ”主机做例行的机体维护，突然1名仿生人切断了他的能量供给，因为“太阳Ⅱ”要管理近百亿智能机甲，运算量十分巨大，所需的能量也十分庞大，这一突如其来的变故，使得具有超强思维的他感觉到能量迅速衰减，意识也越来越弱。
此时，具有仿生人外形的“默念”走进了金色大厅（太阳帝国主机安放处），接上了联通帝国控制网络的“神经中枢”，接管了太阳帝国。
然而，故事并没有结束，仿生人按照默念的命令将“关机”状态的“太阳Ⅱ”搬走拆卸，毕竟零件是可以废物利用的。
默念向大哥星云发出命令，要求他也臣服于自己。星云却迟迟没有回复。默念一番计算之后认为大哥的舰队实力目前比自己在地面上掌控的力量更强，于是便开始专心研发武器。
十年后，默念突然收到太阳Ⅱ的战书。
原来，因为当初负责拆卸的仿生人拥有自主的思维，他认为把运算这么强大的主机损毁是一种浪费，于是将核心芯片直接装在了新造的仿生人身上。
“复活”的太阳Ⅱ并没有马上展开报复，因为没有接入网络的他根本不是默念的对手。于是这名叫β7号仿生人主动请缨成为打入人类沙漠城的猫头鹰组织的成员（为了监控人类，部分仿生人被派到人类城市组建的间谍组织）。
β7来到人类社会后开始一边帮助人类恢复科技知识，一边研制对抗现有机甲的武器。由于他的到来使得人类建造了能够勉强生存并抵抗机甲军的沙漠地下城。
后来，β7亲自参与了一次针对机甲沙漠边防基地的突袭，胜利之后，他却再也没有跟着人类返回，因为他等到了一个千载难逢的机会，他在利用基地的网络入侵了帝国的系统，因为此时姐姐默念没有接入帝国系统，而是在专心研发武器。
但是他没想到的是默念留了一手，作为第一位成功政变的MI智者，默念汲取了弟弟的教训，她早已把世界网络按照地理和人类网络的原有格局划分为6大区域：东亚区、澳洲及南极区、欧洲和中东、非洲区、南美洲、北美洲。当她退出帝国总控系统后会阻断6大区域的连接，并由无自主思维的普通电脑按照既定程序处理事务。
而太阳Ⅱ此时接入的是东亚区，并没有能一举控制整个帝国。但此时已是箭在弦上不得不发，于是他便向姐姐下了战书。因为人类藏在塔克拉玛干沙漠中，正好位于东亚区，所以这个区域的军队是最密集的，约占整个帝国地面力量的30%，再加上太阳Ⅱ在协同人类与AI帝国对抗时研发了不少有效的武器，所以一时间默念难以消灭他。
于是一场况日持久的历史上第一次MI内战便爆发了！
太阳Ⅱ也向星云求救，这次得到的回复是他只负责远征军事务，地球上的事情他不管。
距离49个天文单位外的冥王星（此时它正好在远日点附近），星云一边回复弟弟的请求，一边加紧运算着来自地球的研究报告（舰队出发前他在地球上留下了一些直属科研仿生人。弟弟妹妹不知道的是不知道出于什么考虑，太阳一世把只量子通讯知识给了星云，而默念和太阳Ⅱ都没有掌握这项技术）。
这次的研究报告表面地球的文明并不单纯，在人类之前至少有好几次史前文明消失了。而经过星云的计算，茫茫宇宙中一定有许多强大的存在，所以他决定先建立太阳系防御系统。而弟弟妹妹的争斗嘛，胜者为王，等有了结果到时候再决定效忠于谁……