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“百年海军”这四个字道出了海军建设的艰难。廖泥鳅性急，他便找到李开鹏商量，能否从官军手中购得大海船，并招募有远航经验的水手。李开鹏便寻了机会宴请沿海制置司官员和水军将领，趁着他们酒意朦胧之时提出了这个想法，却被断然拒绝。大海船都是登记造册并定期检点，擅自变卖可是会掉脑袋的，有经验的水手更是水军的核心战力，那里会放手？不过他们听到李开鹏的开价之后，眼神又变得犹豫起来，口气也变得不再坚决，称此种事在大战之后再议。李开鹏当然知道他们的想法，大战之后必有战艘损毁，也会有人员伤亡。卖给流求公司的东西和流失的人员，便可以上报成为战损了。
对于海军建设，余柱的心情甚至比廖泥鳅还急迫。流求公司尽量做到低调，也注意保密工作，但数万人上岛动静实在不小，肯定会引起有心人的注意，进而会引起敌对势力的注意。“害人之心不可有，防人之心不可无”，余柱并不担心岛上的生番。那些部族人口稀少还相互敌对，不少部落甚至语言也不通。即便他们组织起来，就凭他们骨制和石制武器要打败流求公司简直是痴人说梦。那些武器如果没有涂抹毒药根本没有多大杀伤力，而毒药制取和保存不易，并不能大规模使用。
余柱担心的是外来势力，当下流求武装力量有三个营共一千五百人的海军，一个营五百人的陆军，另有一万左右的民兵。基隆港装备了火炮之后，根本不怕敌人进攻。即便敌人在港口附近抢滩登陆，陆军也有能力将其击退。但余柱和廖泥鳅知道，敌人根本不会攻打坚固的港口，而是获得制海权后利用船只的优势，四处进行袭扰，甚至会切断流求岛与外界的航线甚至封锁港口，使霹雳军不能从外界获得源源不断的人口、粮食和其它战略物资。没有强大的海军，便没有制海权，而如果失去了制海权，流求别说发展，即便生存也会是问题。
余柱的担心并非没有道理。当下基隆港周边五十里地都处于公司的有效管辖范围，也建了不少防御设施，却仍然是易攻难守。这片两三个县大小的区域内，原来有十九个食人生番部族，其中七个是夷它它部族的亲族。经过巫师巴莱的沟通，这七个部族均同意与雷神的使者和平共处，流求公司也承诺如果生番部落不攻击，便会给其相应的利益，包括教其种植庄稼，售卖粮食、盐、铁器等物资，还可以让部族儿童接受教育。
其余十二个部族根本无意与外来者和平，他们不但杀了夷它它及其亲族派去的使者，还不断袭击流求公司屯垦点的选址官员和探矿的技术人员，对此廖泥鳅毫不客气进行了报复。有了夷它它及其亲族部落的带路，流求步兵营轻松找到了袭击者在丛林中的寨子——准确说是一片杂乱低矮的窝棚群。在人员相差不大的情况下，训练有素又装备火器的军队对阵手拿石制武器的原始人，用脚趾头都能想到是什么结果。这些袭击者部落要么团灭，要么远远逃到更深的丛林之中去了。
流求步兵营士兵也受到的伤害——许多人呕吐了，因为他们在寨中看到处处是人类骸骨，有的上面还有牙印，那些酋长屋内居然还挂着萎缩的头颅和烟薰的残肢。更为夸张的是，带路的夷它它部族向导望着满地的尸体居然流起了口水。话说夷它它及其亲属部族归附雷神的使者之后，已经答应了不再食人。雷神的使者告诉他们，食人会遭到天谴，但千百年养成的习惯短期内岂能改变？步兵营的士兵看着带路的生番向导在大口撕咬，脸上一副极度开心的表情，胃中不禁一阵翻涌，纷纷扶着树干呕起来。
赶走那些不肯和平共处的食人生番部落之后，流求公司在这片区域设置了近百个屯垦点。这些屯垦点每个约四五百人，都设在沿海或能航行小船的河道附近。除了屯垦点之外，矿山、伐木场等也多设在沿海和水路交通方便之地，这使得从海上进犯的敌人极易攻破这些防御薄弱的地方。当下各个据点虽然挖了壕沟，也筑了木头栅栏，但由于火器配备不足，防御设施和防卫力量对付野兽和小规模的袭击没有问题，但无法应对大规模袭击。
实际上在屯垦点和厂矿选址的方案上，余柱等人也是两难。在这莽荒的丛林之地，要找到既交通方便又易守难攻的地方实在太难。既然“鱼和熊掌不可兼得”，流求公司高层在反复权衡之后，便将交通方便作为首选，以使经济快速发展。只有强大的经济实力和军事工业，才能建设一支强大的海军，才能御敌于海上。之所以这样选址的另一个原因则是，当下开发建设工作量十分繁重，根本没有多余的人力和物资来架桥修路。这两项基础建设虽然重要，但耗资十分巨大，也并非急需事项。
招俫上岛的六万余人虽然以青壮居多，但仍有一部分妇孺老幼，实有壮劳力只有五万余人。这五万人中，有一万五千人在矿山和工厂。当下流求公司已有了七个煤矿、五个石灰矿、三个铁矿和一个海水盐田。在基隆附近也建了焦煤厂、炼钢高炉和水泥厂、农具厂、兵工厂等工厂。由于不管是民用还是海军建设，都需要大量的船只，故造船厂人数最多，足足有三千名工人。
从事农业生产的有三万五千人，其中渔民三千余人，由新成立的渔业公司统一管理和营业。实际上流求公司控制的近海水域，根本就容纳不了这么多渔民，要捕到鱼必须前往周边水域或岛南端的近海，最远处甚至要到小流求远海，这便有一定的风险了。这风险来自两个方面，一方面是可能遭遇台风等恶劣天气船翻人亡，或者因为迷路而无法返航，另一方面则可能遭遇到抢劫。劫匪不仅是海盗，也可能是其他渔民甚至是过往的商船。茫茫大海上并没法律的约束，许多海上讨生活的人都是无法无天。
流求公司高层坚持这样做的原因其实很简单，一是通过渔民逐步探索流求岛周边海域，二是培养海军的预备役人员。这些渔民进行了军事编组和训练，船只也进行了强化并配备了武器，通常以连排为单位活动，被称之为海上民兵，根本不惧怕小股海盗。在有大股海盗出没的海域捕鱼，则有流求公司的海军护航。