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接下来的剧情进展就很快了，小智等人来到了一个叫做三圣岛的地方，因为这个地方有三座小岛，传说上面栖息着三圣鸟，也就是火焰鸟，急冻鸟，以及闪电鸟。
在三圣岛的周围，还聚集着一些专门祭祀三圣鸟的人类，一开始，都是一些日常剧情，以及小智挑战三圣鸟，然后败的惨不忍睹之类的，轻松欢快的剧情。
而观众们的心情也是非常愉悦的，三圣鸟虽然是在《口袋妖怪红·绿》里面就已经登场的口袋妖怪，不过作为种族值仅次于超梦和梦幻的存在，三圣鸟的人气还是很高的，所以观众们对于三圣鸟也非常的喜欢，很多粉丝也喜欢相互之间进行辩论，争执三圣鸟究竟是不是拥有梦幻级别的能力等等。
所以当观众们看到小智和三圣鸟互动，甚至进行战斗的时候，观众们个个都激动不已，还以为小智终于要收服三圣鸟这个等级的强大存在了。
但是很快，邪恶的反派就登场了，有一个叫做基尔邦英的宝可梦收藏家，为了能够收服三圣鸟，在三圣岛的附近，建设了一个强大的基地，这个基地中拥有能够困住三圣鸟的陷阱。
然后这位收藏家就发动了对三圣鸟的攻击，借着三圣鸟出去接受朝拜的机会，立刻自己精心制作了三个陷阱抓住三圣鸟，同时也让三圣鸟成为了自己的收藏品。
“这剧情有点套路呀！”看到这里，还是在观众们不由得嘀咕道。根据他们的经验，接下来的剧情，就应该是我们的小智大战基尔邦英，然后解救三圣鸟的故事了。
但事实证明，这些观众想的太简单了一些，在基尔邦英同时抓住了三圣鸟之后，意想不到的事情发生。
根据岛上的传说，三圣鸟是不能够见面的，否则会发生天塌地陷的巨大灾难。而基尔邦英抓住了三圣鸟之后，居然将这三只鸟放在一起进行展示。
当然了，这对于一个收藏家来说，是无法避免的欲望，但是却触发了三圣鸟之间的诅咒，让三圣鸟瞬间狂化，基尔邦英精心打造了三个铁笼，已经无法控制三圣鸟了，最后三圣鸟破封而出，将基尔邦英的基地给彻底毁灭。
然后这个剧场版唯一的反派人物，就这么直接被他精心搭建的堡垒的废墟给压死了。这家伙从登场到死亡，总共还不到20分钟的时间，堪称是绝大部分电影里面死的最快的反派了。
但故事并没有因此而结束，三圣鸟不能见面的诅咒被激活了，于是全部陷入狂化状态的三圣鸟，开始了疯狂的战斗。
一时之间整个大海都变成了末日一般，大量的海水先是卷起了几十米高的海啸，然后这些海水又布满了雷电，接着又被冻成冰块，最后又被无数的火焰炙烤。
反正一时之间整个大海都充满了雷电火焰和冰冻的力量，这些力量交杂在一起，对于整个海域的破坏力是疯狂的。
居住在三圣岛附近的人类惨了，他们的村子全部都毁在了战斗的余波里面，这些人只能够躲进山上的洞窟里面，可是海水暴涨，这些洞窟随时有被倒灌，大量人类活活淹死的悲剧。
而海里面的鱼虾之类的海洋生物就更惨，不知道死了多少万，反正随着三圣鸟的战斗，整个世界似乎都要毁灭了。
于是这个时候，就轮到我们小智登场了。
从村子里面的女祭祀口中得知，三圣鸟并不是真正的大海之王，真正的大海之王名叫洛奇亚，是世界的海神，掌控着整个海洋的力量。
而且传说洛奇亚沉睡的地方就在这片海洋之中，如果能够找到洛奇亚的神殿，唤醒洛奇亚，就能够用诺基亚的力量来强行制止三圣鸟之间的战斗。
接下来就是一段小智在海洋中冒险的剧情了，在新收服的乘龙的帮助下，小智历经千辛万苦，终于找到了洛奇亚的神殿，并且利用女祭司手中的圣物芦笛，唤醒了沉睡中的洛奇亚，这是一只体型宛如泰坦尼克号一般巨大的超级口袋妖怪。
再然后，诺基亚展现了无与伦比的巨大力量，只见他飞到空中一个甩尾，就被火焰鸟给直接打飞出去。
急冻鸟想要对洛奇亚发出急冻光线，却反而被洛奇亚赏了一个急冻光线，变成了冰雕。
最后的闪电鸟如同闪电一般的冲向洛奇亚，发出了强大的千万伏特攻击，但是洛奇亚的表面却亮起了一个庞大的护罩，闪电鸟的攻击没有任何作用，直接被洛奇亚一口咬住。
之前足足进行了二三十分钟激烈战斗的三圣鸟，在短短的不到30秒时间内，就被洛奇亚全部制服，然后被洛奇亚用光给困住。
这个时候三圣鸟们也恢复了清醒，目光无比恐惧的看着洛奇亚，而洛奇亚则愤怒的看着他们，不断的发出咆哮。
“天呀，因为三圣鸟害死了大量海中的动物和口袋妖怪，所以洛奇亚居然要杀了三圣鸟，惩罚他们犯下的错误！”火箭队的喵喵听到了洛奇亚的话，激动的说道，然后这话也传到了一旁小智的耳朵里面。
嗯，不要问为什么火箭队会在这里，毕竟火箭队是无处不在的，号称真主角是也。
得知这个结果之后，小智就冲到了洛奇亚的面前慷慨陈词，表示三圣鸟并不是因为自己的错误而造成灾难的，而是因为人类的错误陷入疯狂之中的，在此之前几百年的时间里面，三圣鸟都没有犯过错，不能够仅仅因为这一次事情，就杀了三圣鸟，应该给他们改过自新的机会。
洛奇亚一开始是完全不打算理会小智的，他打算直接将小智给打飞出去，但是关键时候，小智的身上却出现了梦幻的虚影，让洛奇亚陷入了沉思和犹豫之中。
然后洛奇亚居然直接开口，口吐人言道，他可以给小智一个机会，让小智指挥三圣鸟来和自己战斗，只要在小智的指挥下，三圣鸟能够让洛奇亚制造一个伤口，他就给三圣鸟改过自新的机会。
然后就是一场激动人心的战斗，在小智这位实力忽然莫名其妙的增加了实力的超级训练师的指挥下，三圣鸟和洛奇亚开始了一场恢弘的对战，而这场战斗自然也是全场特效拉满，每分每秒烧的都是上万美金，看的观众们嘴巴都捂住了，似乎连呼吸也都忘记了。
最后在小智的机智之下，原本充满了分歧的三圣鸟，终于紧紧的团结在一起，各自利用自己的技能配合战斗，在经过足足10多分钟（电影时长）的战斗，成功的打破了洛奇亚的护罩，在洛奇亚的眼睛边上，造成了一条伤口。
大战过后，洛奇亚履行诺言，放了三圣鸟一条生路，不过三圣鸟之后必须要相互之间互相配合，重新恢复三圣岛附近的生态平衡，让死去的水族们重新繁衍起来，弥补他们犯下的错误。
同时洛奇亚也给了小智一个芦笛，告诉他，他是它见过的最聪明也最勇敢的人类，以后他只要在海面上吹响芦笛，洛奇亚就会出现，帮助小智一次。
至此，《口袋妖怪·洛奇亚爆诞》的主要剧情，就基本结束了。