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孙元起此次北上，是为了准备参加中央学会的参议院选举。
“中央学会”是个奇怪的名字，现在几乎没人知道历史上还存在过这样一个组织，究其原因，主要在于存在时间非常短。从1912年8月袁世凯公布《中华民国国会组织法》，明文规定由中央学会选出参议院议员8人开始，到1914年1月袁世凯下令解散国会，中央学会最重要的任务选举参议院议员成为镜花水月，中央学会也不了了之，总共不过存在一年半时间。若是算正式组建时间，恐怕还要更短。
尽管中央学会一直以来寂寂无闻，但它在学术脉络和政治体系的传承中却具有不可忽视的重要意义。
根据1912年11月29日袁世凯签署颁布的《中央学会法》，中央学会是全国性学术团体，直接隶属于教育总长，以研究学术、增进文化为目的，涵盖了自然科学和人文社会科学。从学术定位上看，中央学会应该是取法法兰西学士院、美国国家科学院、日本帝国学士院的规制，并上接唐宋元明清以来最高学术机构翰林院的传统，下开民国中央研究院、党国中国科学院的先河。
民初政府对于中央学会的建立也给予了极大的支持，甚至把它与各省放在同等位置，分配了8名参议院议员名额，相比之下，各省也不过才有10个名额而已，由此可见其对中央学会的重视程度。当然。这份尊崇并非始自民初政府，而是脱胎于清朝末年的资政院，因为在资政院200人名额中。就有10个是钦定给硕学通儒的。在中央学会之后，这种传统也一直保持，像后世民国国民大会有教育团体、技师团体、医药团体、社会贤达等名目，党国的全国政治协商会议也同样有科学技术界、社会科学界、教育界等界别。
按照道理来说，中央学会在学术和政治上都有自己的独特地位，不应该如此轻易夭折才对，怎么会一岁而殇呢？根本原因就在于学会尚未成立。大总统府便急匆匆地颁布了《中央学会法》，致使中央学会先天存在严重缺陷，自然难以长命百岁。
首先一点是中央学会的地位。
从《中央学会法》第一条可以看出。中央学会是教育部直属的学术机构，其主要任务是进行科学院就，推进学术和文化发展，性质类似于近代国家的科学研究院。但《中央学会法》的第十六条又规定。只对学会会长、副会长及各部部长酌给公费。普通会员则分文皆没。也就是说，学会会员仅是兼职，并非专职研究人员，这又与民间普通学术团体类似。
另外，国家研究院一般直接直属于中央政府，而中央学会是直属于教育部。由此可见，中央学会既不是严格意义上的国家研究院，也不是普通的民间学术团体。应该看作是国家研究院的雏形，或者民间学术团体向国家研究院演变的中间过渡形态。故而中央学会的地位非常尴尬。
其次一点是中央学会的定位。
中央学会作为全国性学术团体。对其成员的科研能力和学术成就应该有比较严格的要求，但《中央学会法》却规定：会员由具备国内外大学、高等专门学校三年以上毕业者，或者有专门著述经中央学会评定资格者互选，满五十票以上当选；外国人对于中国学术有特殊贡献者可以推荐为名誉会员。也就是说，大学毕业生就有资格当选为会员。尽管民国初年大学生还是凤毛麟角，远不像今天这般俯拾皆是，但每年也有近千人。一个以研究学术为己任的高层次研究学会只要求大学毕业生即可入会，《中央学会法》所定会员资格未免有些失之过宽。
袁世凯最初提出“中央学会”名称的时候，孙元起还是教育总长，在他看来，中央学会应该是泛指一切全国性的学术团体，既包括中国科学技术学会及其下辖的各种专业学会，也应该包括各大学研究所、清末民初政府设立的科研机构以及民间私人组织的学会(比如美国信宝珠女士1909年在上海创立的中华护理学会，丁福保1910年成立的中西医学研究会)、诗文社等，而不是某个具体的社团。如此一来，中央学会既可以避免与中华科学院机构重叠，也可以囊括自然科学与人文社会科学两大块内容。
没等孙元起发表自己的见解，教育总长已经换成了现在的蔡元培。《中央学会法》颁布之时，孙元起正在全国各地忙着竞选事宜，看着好端端的中央学会被折腾成四不像，忍不禁摇头叹息：这哪还是什么中央学会，分明就是民国版的全国学联嘛！
——全国学联，全称“中华全国学生联合会”，是中国高等学校学生会、研究生会和中等学校学生会的联合组织。尽管对袁世凯、赵秉钧、蔡元培等人此举颇有微词，但不在其位不谋其政，孙元起也只能任着他们折腾。
按照12月大总统府公布的第一届参议院议员选举日期令，中央学会的参议院议员选举定于1903年2月10日举行。在此之前，中央学会必须尽快完成会员的互选与资格认定。这可是个浩大的工程！
如果把戊戌变法时期兴办新式学堂视为中国近代高等教育的开端，那到现在已经有十四五个年头，毕业的学生加起来至少有好几万，其中经世大学一个学校就要占据其中的半数以上。此外还有在国外大学毕业的、有专门著述需要中央学会评定资格的，林林总总估计将近十万人。这些人散布在全国各地乃至海外，经过朝代变革很多学历、档案已经散佚。验证起来非常困难。要在短短的一两个月内完成会员的互选与资格认定，这几乎是不可能完成的任务！
虽然任务艰巨，但谁也不能否认中央学会是一块大肥肉。试想一下。山东、河南、湖北、四川等人口数千万的大省才有10个参议员名额，而不到十万的中央学会中就有8个名额，比例悬殊数百倍，怎么能让人不动心？尤其还是国民党在众议院初选失利、新中国党紧追不舍的情况，自然更不会轻易丢弃这一兵家必争之地。所以国民党和蔡元培等都是咬紧牙关，明知山有虎，偏向虎山行。
尽管在接手之前已经有了心理准备。不过事实证明，他们还是低估了这个任务的艰巨性。问题首先出在对《中央学会法》中的资格解释上。
首先提出异议的是前京师大学堂预科毕业生，他们向教育部要求取得选举会员的资格。教育部有些愕然：虽然大学预科也属于高等教育的范畴。是高中教育跨越到高等教育的重要基石，但预科只相当于补习班，水平、资历都明显低于大学专科毕业，根本达不到《中央学会法》规定的要求。怎么可以提出参选要求呢？
预科学生则振振有词地解释道：首先。京师大学堂(现北京大学)是大学；其次，预科是大学的一部分；第三，我们在大学里学习了三年时间。这些完全符合“国内大学三年以上毕业者”的条件，为什么没有选举会员的资格？
教育部这才发现法案中的漏洞，赶紧补充解释道：“高等专门”四个字应该和“大学”连起来理解，意思是在高等以上学堂学习专业课三年毕业者才有资格，大学预科虽然也是高等以上，但是学的都是普通入门科目。所以不能参选。
就在教育部和大学预科生们打嘴仗的时候，又有一波留日学生跳了出来要求参选。这些人绝大多数毕业于日本大学、高等专科学校特为中国留学生设立的速成专科。——据统计，清末留学日本的数万名学生中，学习速成科的占60%，普通科(预科)的占30%，中途转学退学的占5—6%，进入高等专科学校的占3—4%，进入大学者仅占1%——也就是说，速成专科水平甚至不及预科。
速成专科比较正规的是一年或两年，后来留学日本的中国人多了，他们也开始萝卜快了不洗泥，由一年缩短为八个月，由八个月缩短为半年，甚至还有数月乃至数日的速成科！速成科的名称也极多，包括速成师范、速成法政、速成工艺、速成理化、速成警务等等诸多名目。
按照《中央学会法》规定，至少也要在高等专门学校学习三年才有资格参选，速成专科最多也才是两年，明显不符合要求。但很多人却在“三年”两个字上抠字眼，比如日本法政大学清国留学生法政速成科第四期学员1905年11月入校，1907年5月毕业，在校时间只有一年半，但却占据了三个年头。所以也理不直气壮地到教育部要求参选。
各地法政学堂、京师法律学堂的毕业生也联名上书教育部，力争互选资格。教育部更是一个头两个大：各地法政学堂学生都是已经入仕的官员或举人、贡生、监生等，选择品行端正、通晓笔墨之人经考试后入学，只学习法政知识；京师法律学堂也是专选公职人员入学肄业，两者显然都不是法案中所指的中学毕业或中学毕业程度考入高等学堂的毕业生。
更令人啼笑皆非的是有人在“高等专门”中间加了个顿号来理解，变成“高等、专门学校三年以上毕业者”，一下子把中央学会的学历门槛从大学本科、专科降到了高中(高等学校)、中专(专门学校)。
“高等专门学校”“高等学校”“专门学校”都算是半个舶来品，最先出现在日本的教育体制内，然后为中国所采用。在法案的制定者看来，“高等专门学校”的意思简单明了，就是全日制大学专科毕业，没想到在具体实践中却遇到了这些的不同解读。
会员选举本来就人多事紧，没想到还遇上了这档子事，着实令教育部上下着急上火。各类学校的毕业生抗议不断，请愿队伍天天堵在大总统府、教育部门口，更是令袁世凯、蔡元培等人一脑门子官司。
肥肉虽然好吃，但也得有本事吃到肚里才行啊！他们思忖再三，最后还是痛苦地决定：请孙元起出山！
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