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而在一方面而言，“平准均输”对于眼下的秦帝国并没有太大意义而被张嘉师刻意忽视之外，后世很著名的一些王朝的经济体系为根本的改革，同样也因为不合适这个时候实施而被张嘉师忽略。
一个是始于明朝中后期，在雍正时期大规模实施的“改土归流跟火耗归公”，另外一个则是“官绅一体纳粮”。
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改土归流与其说是一种经济变革，倒不如说是一种对少数民族的治理方式的变革。
秦帝国眼下并非没有少数民族的存在，恰好相反的是，在张嘉师麾下的秦军编制当中，就有着相当一定数量的苗人以及百越人所组成的山地步兵部队。
这也就是说，这些人员既然成为了秦军一员，那么秦帝国在这个时期对于这些地方的治理也有着一定的力度。
其中对于黔中郡一带的苗人体系，张嘉师得益于一些方面的影响而在当地的管治或者是与当地土人的合作有着很密切的联系。
而改土归流在这个时候并不合适在这些地方实施，因为这样一来，有可能会破坏秦帝国在当地的影响力基础甚至是引发一连串的问题。
改土归流是指改土司制为流官制。又称土司改流、改土设流、废土改流，始于明代中后期，是指将原来统治少数民族的土司头目废除，改为朝廷中央政府派任流官。
改土归流是就是把少数民族土司管理的方式，变成汉族式的官员管理方式。土司即原民族的首领，流官由中央政府委派。改土归流有利于消除土司制度的落后性，同时加强中央对西南一些少数民族聚居地区的统治。改革后，还是有些土司掀起叛乱，最大规模的乌蒙土司的叛乱。
土司制度是在唐宋时期羁縻州县制的基础上发展而成的，其实质是“以土官治土民”，承认各少数民族的世袭首领地位，给予其官职头衔，以进行间接统治，朝廷中央的敕诏实际上并没有能够得到真正的贯彻。有些土官以世袭故，恣肆虐杀百姓，为患边境，“汉民被其摧残，夷人受其荼毒。”。甚至土司家族内部发生械斗或是战争，康熙三十八年（1699年），东川彝族禄氏家族因争夺土府继承权，互相残杀。
为了解决日久相沿的土司割据的积弊，明清两朝的君主，已经开始酝酿解决这个问题。改土归流一般采取两种办法：“一是从上而下，先改土府，后改土州。二是抓住一切有利时机进行，如有的土官绝嗣，后继无人，或宗族争袭，就派流官接任；土官之间互相仇杀，被平定后，即派流官接任；有的土官犯罪，或反王朝被镇压后，以罪革职，改由流官充任”，有的在土民向封建王朝申请“改土归流”时，王朝以所谓从民之意，革除土官世袭，改为流官。总之，封建王朝遇有机会，立刻抓紧改流……
元朝开始实行的土司制度弊病很多，土司对内残暴统治属民，对中央叛服不常，骚扰与之接壤的汉民，土司之间也不断发生战争。为了解决日久相沿的土司割据的积弊，明清两朝的统治者大多主张实行改土归流政策。即在条件成熟的地方取消土司世袭制度，设立府厅州县，派遣有一定任期的流官进行管理。
土司制度是元、明、清三朝在西南和中东南少数民族地区实行的一种管理制度，它是由唐宋时期的羁縻州县制发展而来的，就是任命少数民族的首领为土司、土官。授予他们按照当地的传统习惯对所辖地区进行统治的权力.官职世袭，一句话，就是“以土官治土民”。在边境地区，朝廷甚至允许土司保有军队。
土司制度在生产力水平不高、交通不便、民族文化差异巨大的情况下。曾起到一定的积极作用。但是，土司世代为官，独霸一方，更有一些土司专横不法.对境内人民实行政治压迫和经济掠夺.土司之间为争权夺利挑起械斗或战争，导致生灵涂炭，对朝廷也叛服无常。随着社会的发展.土司制度已日益腐朽落后，废除它已成为必然。
明代既是土司制度的全盛时期，同时由于加强中央集权的需要开始制约和削弱土司势力，因此又是土司制度走向崩溃的起点。明朝平定云南后，自洪武至正统年间，采取各种措施乃至战争手段，粉碎了分裂势力麓川引发的边疆危机，西南边疆版图得到极大拓展。明朝版图最盛时几乎包括了今缅甸全境，传统的边疆政区体制已不能满足此时的边疆控制需要，为适应新形势下西南边疆的社会发展状况，明朝在西南边疆逐渐建立起一套“内边区”与“外边区”分层管理的政区体制，深刻影响了西南边疆的发展和疆域形成。
明代编纂的全国性总志及云南通志完整记录了从洪武到天启年间云南的社会情况，无论是《寰宇通志》、《大明一统志》抑或《景泰云南图经志书》、正德《云南志》、万历《云南通志》、天启《滇志》等书，其反映明代云南行政建置均按两种类型分别记载，透视出明代西南边疆政区体制的“内外分野”特征。
现存明代最早的云南通志《景泰云南图经志书》记载云南布政司行政建置曰:“直隶府、州、司凡二十九，外夷府、州、司凡十七。”
值得注意的是，为何云南布政司所辖分别为“直隶府、州、司”和“外夷府、州、司”?
何谓“外夷”?
如该书所载，景泰六年云南政区建置情况为:云南布政司直隶府、州、司:云南府、澄江府、曲靖军民府、寻甸军民府、武定军民府、临安府、广西府、广南府、元江军民府、镇沅府、马龙他郎甸长官司、楚雄府、姚安军民府、景东府、顺宁府、永宁府、澜沧卫军民指挥使司、北胜州、者乐甸长官司、大理府、蒙化府、鹤庆军民府、丽江军民府、金齿军民指挥使司、腾冲军民指挥使司。云南外夷衙门府、州、司:木邦军民宣慰使司、缅甸军民宣慰使司、孟养军民宣慰使司、车里军民宣慰使司、八百大甸军民宣慰使司、老挝军民宣慰使司、孟定府、孟艮府、干崖宣抚司、南甸宣抚司、陇川宣抚司、镇康州、湾甸州、大侯州、威远州、芒市御夷长官司、钮兀御夷长官司。
由于明代云南全省均处于西南边疆前沿，则上述将“外夷”同“直隶”对举的政区记载方式，体现出西南边疆政区体制具有“内”与“外”的分野。
《景泰云南图经志书》所录“直隶云南布政司”的政区为十二府、七军民府、三军民指挥使司、一州、二长官司，属于“外夷衙门”的政区有六军民宣慰司、二御夷府、三宣抚司、四御夷州、二御夷长官司。这说明府、州、司等行政区划形式在“直隶”与“外夷”两种分野中共同存在，因此政区形式不是分野的基础。然从地理分布格局来看，两套政区分野最明显的是边疆地理态势:所谓“直隶府、州、司”均为云南靠内地区，而“外夷衙门府、州、司”都位于云南“直隶府、州、司”的外围及边疆地区，由此形成直隶府、州、司为云南的“腹里”和外夷衙门府、州、司的“外边政区”格局。
明朝就已经开始酝酿取消土司制度，改为在少数民族地区设立府、厅、州、县等机构，派遣有一定任期的流官进行直接管理，这种方法被称为“改土归流”。早期的改革是缓和的。如遇到土官绝嗣、土宫之间互相仇杀或叛乱被平定、土官犯罪革职等.当地的土司制度即被废除，改由流官接任。
在土官与封建王朝的矛盾日益尖锐的情况下产生的这个矛盾，在唐、宋以来就长期存在。随着社会生产力的不断发展，土官制度越来越不适应社会的需要。广大人民不断的反抗斗争又动摇了土官制度的统治。与此同时，土官又日益与封建王朝闹对立，反对封建王朝对它的管辖。这种有损于封建王朝国家统一的行为，明王朝自然是不能容忍的。于是“改土归流”是势在必行的了。
万历十一年明朝云南巡抚刘世曾擢拔刘铤为腾越游击，邓子龙为永昌参将，各提兵五千赴剿，并征调诸土司兵丁应援。于姚关大破莽应里，缅兵败遁。刘铤与邓子龙乘胜追击，率兵出陇川、孟密，直抵阿瓦。缅将孟勺降。陇川、蛮莫、孟养的入侵缅兵纷纷遁逃。刘铤回师陇川擒岳凤父子，献捷于朝。
一年多的边境骚乱至此平定。原来的缅酋莽应里协从的西南诸土司悉来归附。蛮莫头目思顺，初与岳凤相表里，投附莽应里。当刘铤率兵驰入陇川，岳凤诣军门降，思顺缚缅人及象马来献。刘铤以副总兵署临元参将，“移镇蛮莫”，“勒兵金沙江，筑台于王骥故址，威名甚盛。”“建大将行署于蛮莫。”
这就是闻名于世的威远营，其地在今缅甸八莫。万历十二年(公元1584年)二月二十一日，刘铤招集孟养、木邦、孟密、陇川诸土司筑擅盟誓：“六慰拓开，三宣恢复，诸夷恪心，永远贡赋，洗甲金沙，藏刀思窟，不纵不擒，南人自服。”
万历十三年增设蛮莫安抚司，以蛮莫土官思顺任安抚使。刘铤记这次战役的胜利说：“万历癸末年十一月二十六日，横槊誓师，分哨并进，披历险隘，直抵贼巢，元恶既已倒戈就擒，协从悉皆府首受缚。……虎穴笑谈，平功不战，狼烟呼吸，定绩底咸宁，据金沙，城蛮哈；言有大而非挎；通宝井，跨南滇，信无行而不利。土地地充拓者，远近不下数千里，掳掠夺回者，旄倪概计亿万人。……兵甫及二月，犁扫为之一空。”
刘铤、邓子龙征缅，大败莽应里，“纠合诸夷，歃血威远营，”取得决定性胜利，但是莽应里势力并未彻底剿灭。刘铤清醒地认识到“疆宇虽已廓清，莽酋酋然肆大，若不亟加剿灭，终为祸根蔓延”。应乘胜进讨，“俟荡平之后，另图改土设流，平定之余，更宜筑关建堡，设大将旗鼓，以控制要冲，立诸司衙门而相为犄角。随行屯田之策以足食，而财可使富，保障坚于来形；又练土著之丁以足兵，而力可使强，边境几无患。……滇南之安，永保万世无虞矣。
但是，刘铤的筹谋笄却不为当局所重视，不仅没有给予支持，反而万历十五年(公元1587年)将刘铤调离。刘铤镇蛮莫约二年，抚绥边境诸土司，尚来不及剿灭洞吾莽应里，彻底平息叛乱，便抱憾离去，许磁《赠云抚凤坪公西征缅甸序》说：“……一战而取罕虔，再战而获岳凤，三战而诛莽应里，四战而缅甸之老莺尽退兵矣。”
官兵对刘铤征缅满怀期望，不料刘铤尚未三战、四战便解职而去。
清康雍乾盛世时期，国力强盛，中央政府已经有足够的力量加强对少数民族地区的统治。雍正四年，鄂尔泰大力推行改土归流政策，即由中央政府选派有一定任期的流官直接管理少数民族地区的政务，“改流之法，计擒为上策，兵剿为下策，令其投献为上策，敕令投献为下策。”“制苗之法，固应恩威并用。”广顺长寨土司向官兵挑衅，竟遭到清军毁灭性的打击，设长寨厅。
中国清代雍正年间在西南一些少数民族地区废除土司制，实行流官制的政治改革。为了解决土司割据的积弊，雍正四年，云贵总督鄂尔泰建议取消土司世袭制度，设立府、厅、州、县，派遣有一定任期的流官进行管理。雍正帝对此甚为赞赏，令其悉心办理。六年，又命贵州按察使张广泗在黔东南推行改土归流政策。在设立府县的同时，添设军事机构。清政府在改土归流地区清查户口，丈量土地，征收赋税，建城池，设学校；同时废除原来土司的赋役制度，与内地一样，按地亩征税，数额一般少于内地，云南、贵州改土归流的目标，到雍正九年基本实现。改土归流废除了土司制度，减少了叛乱因素，加强了政府对边疆的统治，有利于少数民族地区社会经济的发展。