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杜兰被困在束缚衣里，被推着，直接送手术室，先提取一些基因。
加持良治和真希波都知道杜兰在第三新东京市大闹了一场，都来看看这个杜兰到底是何方神圣。
“驾驶eva看来也不是很难。”真希波很快也要上eva了，所以她觉得杜兰给她做了一个好榜样。
真希波和加持良治都是seele的员工，不过他们两人的目标并不一样。加持主要是为了寻找真相，而碇源堂司令也正是用真相作为交易，才让加持为他服务。
加持虽然已经是seele的员工，但并没有机会进去祭坛核心，现在他还只能算是武士中的下士，属于边缘，想要知道核心，只怕是很难做到。但这个时候司令的交易让他心动，所以加持成为了多面间谍。
真希波则是为了学姐，也就是碇真嗣的老妈。没错，虽然真希波看着好像是个少女，其实是个阿姨。她是受到了eva的诅咒，不会长大了，她也是冬月的学生，并且憧憬碇真嗣的老妈，所以她的目标就是帮憧憬的学姐照顾儿子。不过现在她也不知道碇真嗣在整个计划中到底是起到了什么作用，她得慢慢调查。她知道如果学姐活着，碇源堂做的事情肯定都是违背学姐意图的。学姐虽然是seele的人，但其实并不是什么消极的人，她是给身边的人带来希望的女神，聪明、美丽、坚强、勇敢，所以碇唯希望的世界就是真希波希望的世界。这样的世界绝对不是混乱的，也不会是人类补完计划，一定是能让所有人都幸福的世界，至少她的儿子能在这个世界里真心地微笑。
杜兰知道自己要被送去研究了，心想这样的话，那他们会不会克隆很多个自己，然后再让自己返老还童？然后有一群少年杜兰到处乱窜。
杜兰可不想被研究，所以他给保镖送去了信号，现在他可以发动进攻了。
此时保镖正地站在大海之上，一支活生生的生物舰队正在乘风破浪，一个名为迪妮莎的女人找到了他，要和他一起帮忙救助杜兰。同时他也越发确定自己是在一个虚假的世界里，因为迪妮莎让他坐在一个生物机器上，带上一根脐带，大脑里就多出了大量的技术，现在他掌握了全世界所有的交通工具，同时也学会了全世界的格斗方式，就好像他天生都会这些知识。
如果不是虚拟的世界，怎么可能通过这种方法传输知识？只怕连神经元也没有这样的力量。再说生物舰队，长得都好像使徒，也不知道使用什么能源就能在大海上风驰电掣，这应该是地效飞行器的原理，贴在海面，全速前进。已经看到前面阴云下的伯大尼基地了，那是建立在大海之上的神经元基地。
“本来都没什么钱了，还这么浪费把基地建设在大海上，真是闲的。”迪妮莎对于seele的铺张浪费表达了批判。
不过对于封建组织来说，花钱营造神秘感是必须的，毕竟如果被祭坛外的人发现祭坛里面的人也都是两个眼睛一个鼻子一张嘴的普通人，那seele的高层不是很尴尬？所以必须做一些不明觉厉的东西，拉开他们和祭坛外的距离。
有了这些高大上的设备，祭坛外的人才会敬而远之，因为害怕和畏惧而不敢轻易冒险试探。
至于浪费钱财和资源，那本来就是应该的，反正最后人类补完，这些资源人类也用不上，还不如浪费算了。
什么，你说有人吃不上饭？这和seele有什么关系，他们只负责和使徒战斗，吃饭问题是每个地区的政府负责。
“我们走吧。”迪妮莎的细腰上戴着立体机动，直接起飞。
杀手也一样跟着，两人直接潜入基地。显然基地也没想到会有人单枪匹马潜入进来，根本没有对人作战的经验。
两人身穿光学迷彩服长驱直入，直接进入了手术台。就在杜兰要被解剖的时候，他们迅速打晕了手术室里的所有人。
“老婆，你可算来救我了，我好怕怕。”杜兰表示真怕自己控制不了直接就动手了。
迪妮莎表示杜兰就是喜欢搞怪：“你故意被他们抓，还不是为了潜入基地。你想在这里找什么？”
伯大尼的基地里有在建的五号机，还有四只亚当力量组成的钥匙。当然还有加持良治和真希波两个剧情角色，还有一些小秘密，关于人工智能的，也关于克隆人的。
克隆人在seele里不算少见，但和克隆人一起工作却不见得就是一件愉快的事情。对于很多人来说，克隆人不值得信任。
比如真希波就不喜欢克隆人，赤木律子也不喜欢。
当然赤木律子不喜欢克隆人主要还是不喜欢绫波丽，毕竟绫波丽获得了太多的关心，特别是司令的关心。
当然在剧场版里连明日香都是克隆的，不过明日香的克隆使用的是淘汰制，最后活下来的就是现在这个明日香，也是个自闭少女。
所以理论上来说驾驶员都应该是克隆人才对，所以碇源渡把自己儿子送上去是完全违背seele计划的，不过碇真嗣也是争气，接连打败了使徒。
碇源堂这也是一招险棋，不过他对妻子有信心，他相信有妻子灵魂的初号机不会让他失望的。至于儿子的话，碇源堂是真没放在心上，在他看来不是儿子给力，而是老婆给力。
“现在我们干什么？”
“当然是包围基地了。”
杀手表示如果换了别人说三个人包围一个基地，他肯定不相信，杜兰的话绝对完全没问题，他相信杜兰真的可以做到。
于是三人拿着武器开始了行动，利用光学迷彩直接潜入指挥室，再展现身形大吼一声：“你们已经被我们三个人包围了。”特别点出只有三个人，杜兰简直就是恶趣味。
指挥室的人面面相觑，表示这三个人是虚张声势，还是脑子有坑？不过沉默也只是一瞬之间，很快警报就响起来了，外面的保安部队正在荷枪实弹地聚集起来，如果真的只有三个人的话，等会儿他们就会变成马蜂窝，因为外面的安保部队少说也有三十个人，是他们的十倍。
“好啊你们，不但不投降，竟然还敢反抗？！”杜兰表示真是反了，伯大尼基地里的人这是自寻死路。
当然杜兰不会杀他们，他的武器都是恰好可以把人打晕的能量武器，非常安全，但无限子弹，射术也非常快。
很快基地内部就开始了枪战，不过并没有持续多久，最后站着的只有两个半，杀手累得够呛正瘫做在地板上休息呢，只有杜兰和迪妮莎两夫妻是站着笔直，宣布伯大尼基地已经易主。