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八岐大蛇一役之后，地球恢复了往日的宁静，除了程凡时不时会放几只开菊兽到日本督促迪迦“锻炼”之外，世界其他地区那是一片和平美好，没有外星人，没有哥斯拉！
这等和平大好的环境让暗中潜水的幽怜一脸懵逼，当初她出场时，可是扮演了一个相当神棍的预言家角色，自称是三千万年前超古代文明制造的时光机器，告诉人类地球将相继发生许多巨变，并成功预言哥尔赞和美尔巴的出现，还偷偷摸摸告诉大古，“小伙子，只有你变成光让巨人复苏才可以拯救地球和人类！”
可是，说好的全球巨变呢？这些怪兽为毛只在日本地区出现？
并且，据幽怜在人类那里获取的资料所知，地外文明发出的电波早在1998年就被世界各国观测到，按理来说，早该有外星人来地球，可到了现在，除了地球上二十年前被“捡到”的一只外星人（注：TV里34和35集代号“睡美人”的戴西斯星系人），一只活的外星人都没发现，甚至连“睡美人”也被什么人给偷了！
一晃，时间过去了快三年，人类的科技蒸蒸日上，麦格斯动力系统在两年前已经测试成功，正式投入使用，有了这种新动力，人类迈向宇宙的步伐越来越快，以这种速度下去，载不过一两年，迟早会发现这个太阳系的不对。
程凡的本体站在太阳之上，遥遥望着太阳系中那颗水蓝色、排行老三的星球，他在考虑，是毁灭人类，或者消其文明，将其打回史前状态，还是离开太阳系，将太阳系让给人类。
三年时间里，程凡抓捕了太多的外星人和怪兽，摧毁或殖民的外星文明过百，控制的行星系总数达数百多个。通过对各种外星文明的知识掠夺，以及无数哥斯拉研究员日夜不休的研究，程凡的科技呈爆发式增长，到了极为恐怖的地步。
科技的爆发，知识的积累，对大多数人类而言，科技发达会让他们生活变得更好，但对程凡来说，文明即是吾身，他本身随着认知进步成长为一个可怕的生命！
加库玛石化光线解析成功，让程凡掌握了元素转换，配合上他自身变异后G细胞的能力，程凡在这片宇宙中能量和物质可谓无穷无尽。
通过对休拉诺斯、戈尔德拉斯等拥有空间能力的怪兽进行研究，程凡对空间的理解几乎是空间是他儿子，想怎么搓就怎么搓。
尤其是基兰勃、艾能美那、摩志（注：戴拿奥特曼22集《月夜的士兵》，能吸收人的恐惧）等生物解析完成后，程凡的生命层次再次飞跃，不仅可以吸收实质性的能量和物质，还可以吸收各种心灵能量作为能源。
他的基因已经发生了变化，不拘泥外在的形式，可为物质，可为能量，甚至可化为一股股心灵能量，植入到生灵心灵之中，只要世间仍有一个生灵记得他，他便永生不死。
程凡自己都觉得，这个宇宙怕是已没有能杀死他的存在！
“地球上没探索过的地方，也只剩下南太平洋海底，幽怜口中黑暗支配者沉睡的超古代遗迹，是时候该去看一看它了。‘黑暗支配者’，支配‘黑暗’？好大的口气！”
一想起黑暗支配者，程凡眼里闪过一丝光芒，再看了一眼那颗在太空中漂浮、蔚蓝色的星球，他对这颗星球上人类的命运已经有了决定……
地球，南太平洋一片海域，今天天气十分之好，一望无际的洋面上，海水随风轻涌起波涛，一群海豚追逐着浪花嬉戏，时而从海里跃起，在阳光下展现优美的身姿，翻起朵朵洁白的水花。
好一派自然和谐的海洋景色。
可在这片祥和宁静的海域之下，一座超古代文明遗迹在深幽的海底长眠，两股庞大的黑暗能量正沉睡其中。
“好大的地方啊，在沉到海中之前，这里应该是一座城市吧？！超古代文明的城市，希望没有被破坏得太严重。”
这片海底遗迹被黑暗能量笼罩，连深海生物都不敢过于靠近，今日却有一个人声在遗迹之中响起，一束手电的光打破了遗迹三千万年以来的黑暗，一道人影自由地走在海底，视巨大的水压和无所不在的黑暗能量如同无物。
凑近一看，这人是一位人类青年，年龄在二十岁出头，身高一米七左右，相貌普通平凡，穿一件白色的T恤和一条灰色的牛仔裤，好似一个假期前来探险的大学生，手里打着一个小手电，手电的光到处照着，慢悠悠从一个洞口进入到遗迹内部。
从外面看，这片遗迹像是一座沉入了海中的岛，等进入内部之后，才发现遗迹内地形复杂，不仅有超古代文明留下的通道，而且到处是洞，四通八达，一条连着一条，要不是青年记忆够好，说不定在探路上就会花不少时间。
遗迹之中匿伏着大大小小、众多的黑暗能量反应，其中以两股最为庞大，青年感应了下，这两股最强的黑暗能量正是他经常感应到的那两股，又有两股能量次之。
青年走到一个岔口后，脚步停了下来，因为这些能量并非聚在一处，而是两股稍逊的跟一股庞大的在一起，另一股庞大的另在一端，他在想先去看哪一股强大的黑暗能量？
“‘黑暗支配者’，这名字一听就很威武霸气，既然是支配者，肯定得有牌面，有小弟护卫才是，那股黑暗能量孤零零的，一看就不像，没有格调。倒是这股黑暗力量……从其位置判断，两个小弟护卫在前，老大在后，才符合‘黑暗支配者’的称呼。决定了，先去看这一股了！”
青年打着手电筒，在遗迹中左转右绕，绕了几个圈圈后，终于绕到了一座巨大的石墙之前，手电的光照在石墙上，青年看到墙面写满了超古代文明文字。
由于分体之一的程凡博士从幽怜那里学过超古代文明语言文字，青年自然也能读懂墙面上所写的内容。
“警告，此处为禁地，请远离此地！”
“警告，黑暗巨人封印于此，严禁打开！有违者，将被处以极刑！”
“后来人，请不要打开石门，毁灭世界的黑暗被封印于此……”
“我好像走错了地方，这里的似乎不是‘黑暗支配者’，而是什么黑暗巨人！”