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刺马案的第三种说法和湘军有关，毕竟马新贻是被派去彻查湘军中饱私囊太平天国财富的，马新贻在江宁期间，自然让那些战后留在本地、手上掌握大笔财富的原湘军退伍军人战战兢兢不已。这一旦查出来，可是杀头的大罪。
鲍超（1828年—1886年），初字春亭，后改春霆，夔州安坪藕塘（今重庆奉节）人，清朝晚期湘军著名将领，绝对是百战百胜的兵王。
行伍出身。先从向荣赴广西镇压太平天国运动，后调充湘军水师哨长。先后战岳州、武昌、金口，赐号“壮勇巴图鲁”、官记名水师总兵。咸丰六年（1856年）募湘勇创立霆字五营，改领陆军。转战湖北、安徽、江西、浙江、广东、河南、陕西各地，再赐“博通额巴图鲁”名号，历官湖南绥靖镇总兵至浙江提督，封一等子爵加一云骑尉世职。同治六年（1867年）率部赴陕西镇压捻军，在安陆之战中被劾误期，辞官。光绪六年（1880年）起任湖南提督，再募军驻直隶乐亭防备俄国。光绪十年（1884年），中法战争爆发，率部驻防云南白马关外备战。鲍超一生参加过500场以上战役，身被伤108处。光绪十二年（1886年）逝世，谥忠壮。
传闻说，张文祥曾经是湘军鲍超部下。鲍超是有名的湘军将领，其部号称“霆字营”，为湘军主力，不过军纪败坏，经常公然掠夺地方民众，号称“所过残灭如项羽”。张文祥加入霆字营后，由于作战勇猛，受到鲍超赏识，被提拔为新兵营哨官。当时湘军内部时兴结盟自保，不少人都是哥老会成员，霆字营也有哥老会组织，张文祥加入了哥老会，并成为一个小头目。
哥老会，起源于湖南和湖北，是近代中国活跃于长江流域，声势和影响都很大的一个秘密结社组织。在四川和重庆的哥老会被称为袍哥。
哥老会是下层群众自发结成的社会群体，是民间秘密结社。有关哥老会的源流问题，是长期困扰历史学工作者的一个难解之谜。究其原因，与天地会起源问题相似。其一，哥老会是下层群众的自发结合组织。不一定有准确的成立时间，成立时也不会留下可靠的资料；其二是辛亥革命时，革命党人为了联络和引导哥老会，大力宣传哥老会乃太平天国李秀成、李世贤等派洪门中人潜入湘军而创立；其三，晚清及民国年间，洪门、青帮与哥老会互相渗透与融合，一些帮会中人便竭力宣扬洪门、汉留(哥老会)源出一家，皆为郑成功首创之说，难道是为了反清复明？
湘军后期，霆字营受哥老会煽动，在湖北金口闹饷，发生哗变。张文祥趁乱逃到天目山，躲进一座寺庙里。刚好寺庙长老是天地会首领，以出家人的身份做掩护，指挥山下的天地会从事反清复明的活动。张文祥知道真相后，加入了天地会。后来马新贻任浙江巡抚，在宁波、台州大肆“剿匪”，捕杀了不少天地会成员。寺庙长老十分痛心，便委托张文祥杀马新贻为天地会会友报仇。
有关此案的小说两种。一是平江不肖生的《刺马详情》选自他的名著《江湖奇侠传》。据平江不肖生说，他对本案的详情，是从郑敦谨的女婿口中所得。而郑敦谨的女婿，则在郑敦谨审问张文祥时，在屏风后面偷听到的。其真实程度如何，不得而知，但读来娓娓动听，合情合理。读者不仅可以借以知道刺马案的详情，还可同时知道火烧红莲寺的来龙去脉，真是一举两得。
另一种是佚名著《张文祥刺马》，所述与平江不肖生的大同小异。两个故事和这个版本的很相似。
还有一种说法是，马新贻是被洋人买凶杀死的。传闻说，马新贻在上海与小刀会作战时受了伤，在董家渡医院治疗时受洗加入了天主教。他上任两江总督后，与法国天主教江南教区的主教郎怀仁来往密切，关系极为特殊。安庆教案发生后，法国驻华公使罗淑亚到江宁同马新贻交涉，马新贻对罗淑亚极其友好，一切照法国人的要求办理。事后，马新贻与安徽巡抚英翰联衔发布告示，极力宣扬天主教的善行，劝人维护外教，并勒石竖碑保卫天主教。马新贻又派兵保护在江宁等地的天主教堂。同治九年（1870），江宁发生反洋教活动，组织者是提督陈国瑞。陈国瑞还得到了江苏布政使梅启照的暗中支持，帮助印刷了大量宣传传教士残杀中国幼童的材料。马新贻知道后十分生气，派兵捉拿陈国瑞。陈国瑞逃离江宁，经扬州到天津，参加了反洋教的活动，并得到了醇亲王奕的支持。天津教案发生后，法国传教士及驻华公使公开以武力威胁，要求惩办陈国瑞，但由于醇亲王的庇护，被军机处敷衍过去。马新贻被刺杀后，传教士反应强烈，镇江城里的传教士还公然为他搞悼念活动。刚好张文祥供词中有“养兵千日，用兵一时”的说法，又因为如没有内线指引，张文祥根本就无法进入马新贻由校场回署的箭道，不可能在光天化日之下、在刀枪林立之中，一刀杀了两江总督大人。于是，江宁城中又流传着是醇亲王奕和陈国瑞指使张文祥刺杀了马新贻。而更为离奇的是，陈国瑞后来被发往黑龙江齐齐哈尔当差，于光绪八年离奇死于黑龙江戍所，风传他是被人杀死。
最后一种传闻说，是江苏巡抚丁日昌花三千两银子买通张文祥，谋杀了马新贻。
江苏巡抚为两江总督下属，管辖苏州、松江、常州、镇江四府和太仓直隶州，驻在苏州。之前，太湖水师哨勇徐有得、刘步标陪同哨官王有明到苏州看病。当晚，徐有得、刘步标二人闲逛妓院，刚好遇到丁日昌族人都司丁炳、范贵等人。双方因为争夺一名美貌妓女起了冲突，打起架来。刚好苏州亲兵营游击薛荫榜带兵巡夜，将滋事的双方都抓了起来，各打四十军棍，以示警戒。偏偏徐有得很不服气，结果又被加打了四十军棍。
不料四天后，徐有得伤重而死，事情一下子就闹大了。江苏巡抚丁日昌为了表示自己公正，主动上奏，自请议处。此时他还不知道当天晚上在妓院参与打架的还有自己的儿子丁蕙蘅（时为候补道员）和侄子丁继祖，后来知道事情经过后，后悔莫及，但也无可奈何。
朝廷将案件交给了两江总督马新贻处理。马新贻接案后，倒也十分认真地秉公处理，但丁蕙蘅始终不肯来江宁投案，派人前去传唤，丁日昌则推托说儿子夜里越墙逃匿，不知去向。而实际上，许多人亲眼见到丁蕙蘅在巡抚衙门进进出出，毫无顾忌。这期间，丁日昌多次向马新贻请托，希望他高抬贵手。马新贻摆官架子，认为丁蕙蘅拒不投案是故意藐视自己，又因丁日昌是曾国藩亲信，十分警惕，置之不理。
由于丁蕙蘅拒不到案，此案拖了将近一年也无法结案。马新贻十分恼怒，决定强行结案，将丁炳、薛荫榜、丁蕙蘅、丁继祖等人都处以革职，并判出款一万两白银以安置死者。丁蕙蘅仗着父亲是江苏巡抚，坚持不肯归案，马新贻也有办法处理，上奏请交朝廷议处。
四十天后，马新贻遇刺。最可疑的是，马新贻遇刺当天的阅射，按照惯例总督和巡抚都要参加，但江苏巡抚丁日昌却并未到场。他已经在刺马案发生前夕自苏州赶赴天津。不过，丁日昌赶赴天津却是奉旨所为。当时，曾国藩处理天津教案不力，被全国上下痛骂，曾国藩感到难以支撑，便上奏请求另派大臣赴津协同办案。于是清廷选中了有“洋务能员”之称的江苏巡抚丁日昌。六月二十八日，清廷下谕令命江苏巡抚丁日昌赴津办理教案，因其路远，难以速至，又命工部尚书毛昶熙先赴天津。
奇怪的是，丁日昌接到谕令后，没有立即赶赴天津，而是一直拖到七月十四日。当时，从苏州到达天津需要十天左右，也就是说，丁日昌是在马新贻遇刺前十天就离开了苏州，并且刚好在刺马案发生的前一天——也就是七月二十五日到达了天津。一下船，丁日昌便直奔直隶督署，与曾国藩密谈良久。正是在当天，江宁大雨，马新贻阅射未能成行。
第二天，七月二十六日上午，身在江宁的马新贻被张文祥刺杀于回府衙的路上的时候，在天津，曾国藩正赶去回访丁日昌，秘密交谈了近一天。
第三天下午，马新贻因伤势过重而死时，曾国藩正在午睡，还在日记中记录当时的心情是“心不能静”。丁日昌随后赶到直隶督署，二人又是一番密谈，直到深夜。
刺马案后，丁日昌一直滞留在天津，直到朝廷让曾国藩回任两江总督的上谕到达。当时曾国藩处理天津教案不当，“残民媚外”，备受中外抨击，回任两江总督能够将他从泥潭中拉出来，绝对是一件好事。但曾国藩与心腹反复商议后，决定以身体多病为理由，固辞两江总督。不料朝廷的态度十分坚决，有病也必须去两江。
曾国藩处理天津教案，其实是挺公正的，但当时那种汉人处处被洋人欺压的氛围之下，一代重臣也只能沦为了炮灰，为自己辉煌的履历表上留下了一记败笔。
1870年（同治九年）4、5月间，天津发生多起儿童失踪绑架的事件。6月初，天气炎热，疫病流行，育婴堂中有三、四十名孤儿患病而死，每天有数百人到坟地围观，挖出孩子的尸体查看。于是民间开始传言“外国修女以育婴堂为晃子，实则绑架杀死孩童作为药材之用”等荒谬谣言。
1870年6月20日，一名被居民扭送官府的匪徒武兰珍口供中又牵连到教民王三及望海楼天主堂。于是民情激愤，士绅集会，书院停课，反洋教情绪高涨。第二天清晨，天津知县刘杰带人犯武兰珍去教堂对质，发现该堂并无王三其人，也没有武兰珍所供的席棚栅栏，“遍传堂中之人，该犯并不认识，无从指证”。故证明，以为对教堂和仁慈堂的误解误会，但此时群众已经无从分辨真假。
回到刺马案上来，日复一日，刺马案的头绪也越来越多，盘根错节，牵涉太广。仅以上五种传闻，就牵扯上了回王、湘军、天地会、洋教士、陈国瑞、醇亲王以及丁日昌。
张文祥又一直反复在翻供，见着谁咬谁，审理案件的人又不敢用大刑，毕竟这事已经捅破了天，搞得全天下的人都知道了，上面又不停的在催问，是想弄清楚，也不想弄清楚，最后不得不草草结案，至于最后，大家谁都不知道谁是幕后的真凶，此案就那么不了了之。
同治十年（1871）二月十五日，离马新贻刺杀的日期--清同治九年（1870）七月二十六日，整整过了半年之后，曾国藩奉旨监斩，在江宁小营刑场将张文祥凌迟处死，并摘心致祭。马新贻四弟马新祐为了增加张文祥的痛苦，定制了一把刀、一把钩，交给刽子手作行刑之用。凌迟重刑，数十年难得一见，有人说只“扎八刀”，有点脔割的意思就行了，有人说要用“鱼鳞剐”，一片片细切。而张文祥则是介乎其间，用定制的钩子紮住皮肉往上一拉，快刀割切，钩一下，割一下，自辰至未，方始完事。
在残酷的处刑过程中，张文祥始终未出一言，视死如归，颇有英雄气概。他的名字却在史籍中被刻意改为“张汶祥”，“文”字加水，表示其江洋大盗的身份，有蔑视他的意思。
刺马案受到牵连的还有不少人。张文祥的儿子张长福时年十二岁，也受到牵连，被阉割后发往新疆为奴。其女张宝珍、张秀珍因许嫁已定，并不知情，各归本夫。督标中军副将喻吉三因疏于防护，被革去提督衔，降二级调用。把总唐得金等人均因失职罪名被斥革。
刺马案久审不能结案，刺客供词闪烁，主审官员含糊其辞，前后审案官员多达五十余人，每次奏结均疑点重重，无法自圆其说。所以一时流言纷纷，各种传闻迭起，飞短流长，更使得案情扑朔迷离。当年袁世凯年仅十五岁，竟然也十分好奇地去向参与会审的嗣父袁保庆（本为袁世凯叔父，袁世凯被过继给他为子）探询。