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看到作为主心骨的宙斯终究还是伤重不治了，剩余的奥林匹斯神灵自知必死，不甘心受辱，也是为了维持最后的尊严，于是选择引爆整个“神国”。
阿波罗下令关闭了力场护盾，切断所有能源运输管路，过载了所有的反应堆，由于能量无法输出，全部聚集在反应堆内部，这种过载对于反应堆而言就是最好的引爆手段，能够将反应堆变成大号的核弹。
杨平凡意识到不对劲，他的命令第一时间就传达了出去，事实上不用他下令，作为前锋攻进神域的改造人们也发觉不对劲，那光芒实在太吓人了，改造人们纷纷调头往后跑。
各个能量节点的光路变得更加明亮，越来越多的失控能量被注入到十二神殿节点中，在光路笼罩的范围内，无数大大小小的宫殿和高塔……只要是连接着奥林匹斯能源系统的全都开始了盛大的连锁爆炸，最终将十二神殿的动力炉也引爆。
天空中亮起十二朵绚丽刺眼的死亡之花，巨大的火球照亮夜空，如同升起12个太阳，在死亡之前的最后一刻，很多改造人都看到一个不断翻腾的火球直冲云霄，愈变愈大，不断变幻着颜色，从紫罗兰到橙黄，像一颗宝石在转动，五颜六色，光彩耀人。
一股可怕的冲击波从爆心出发，向着四周横冲直撞，顷刻间推倒掀飞了神域内的绝大部分建筑物。
几秒钟之内，奥林匹斯山神域内的树木，建筑，防御工事，神殿等等一切人造物，包括成千上万名猝不及防的神域子民以及攻进来的诛神大军，就被这道极度干热的焚风给烧焦了。
恐怖的核爆在一瞬间就将空气炙烤到了超过木材和布匹燃点之上的温度，接下来已经根本不再需要火种，这可怕的高温气流刮到哪里，哪里就开始燃烧起来！
布料在燃烧，木料在燃烧，房屋在燃烧，连活人和死人也都开始燃烧起来，整个神域瞬间陷入一片火海之中……
神话时代，结束了！
众人不知道的是，在这里发生的事情同时也影响到了本时空土著人类的世界。
惊天动地的大爆炸让依附在神域周围的人类邦国都笼罩在末日般的恐怖景象中，可怕的巨响不断从天空传来，狂风将房屋牛羊人类吹上天，波塞冬的神殿被巨浪摧毁了，阿波罗的殿堂在熊熊大火中化为灰烬，巨大的石块从天而降，击穿了宙斯的殿堂，并将那雄壮的众神之王的雕像砸的四分五裂……
众神的时代终结了，诸神黄昏是极其惨烈的，本时空土著人类目睹了这一切并记录下来，在逐渐的流传中变成史诗，再变成传说，变成神话……
当意识到奥林匹斯山神域要自爆的时候，杨平凡感觉仿佛有一万头羊驼高声大合唱你好毒从自己内心轰隆隆奔腾而过，差点一口气没喘过来。
杨平凡立即下了撤退命令，但他很快就发现跑不掉了，改造人速度再快也跑不过冲击波，于是当机立断，张开时空之门。
事实上杨平凡没忽悠改造人们，时空之门确实需要充能才能启动，但却不一定要借用神域的能量和装备，它自有一套充能方法，眼下充能还没完成，但也等不及了。
左慈和伦纳德博士分列左右，不停呼喊诛神大军往时空之门里跳，不时还飞出去将行动慢的一把揪起来往里面丢，一阵炽热的焚风愈来愈近，冲击波来了！
时空之门的结构不稳定，在冲击波面前被狠狠撕成两半，没有来得及跳进去的改造人全部灰飞烟灭，被撕成粉碎。
由于充能不够，时空之门无法启动时间穿越能力，只启动了空间传送能力，幸存者们全部被送到了万里之外的遥远东方。
这里的有混杂着土腥味的雨后清新空气，野花烂漫，四野无人，宛如仙境。
空气中一阵波动，一个仙风道骨，鹤发童颜的老人率先掉了下来，他轻巧地在空中翻了个筋斗，轻松着陆，紧接着，一只大蝙蝠落了下来，在半空中展翅飞走，仔细看那不是蝙蝠，而是一个长着肉翅的人，赫然就是雷震子。
紧接着，又有各种走兽和妖人从半空中凭空出现，有的安全着陆，有的摔成重伤，左慈将他们一一救治。，因为伤员多，牵扯了左慈的精力，无暇他顾，那些趁机跑路的妖人们便四散而逃，占山为王，盘踞一方。
一天，为了给受伤的属下补充营养，左慈到河边捕鱼，一个乘坐轺车的华贵老者路过，与之攀谈，两人颇为投缘，激动之下，这个老者竟然拜他左慈为师
同样的场景也发生在千里外的朝歌附近，只不过另一个人是伦纳德博士，一个叫有苏氏的部落也接纳了他们这群时空难民，狐娘妲己在穿越过程中身受重伤，留在族长家里修养，族长妻子是个和蔼的人，对这个美丽的女子照料有佳，让狐娘感受到从未有过的母爱关怀，感动之下，认了族长妻子为义母。
伤势好了之后，苏妲己性格活跃跳脱，很快和部落的人熟络起来，美丽开放的名声越传越开，最终传到了朝歌，传到了商王那里……
——
基准时空，刘元坐在自己的办公室内，正准备开始日常办公，当处理到美洲事务时，忽然发现不对劲，美洲势力范围不见了，取而代之的是一块新大陆上新的国家势力范围，美国不见了，美洲变成明洲，上面横跨两大洋的国家变成了黄种人为主体的新明国！
刘元愣了一下，马上意识到又有人穿越时空去捣乱了，而且这乐子还不是一般的大，居然硬生生造出一个新明国出来！
“主脑，算一下是怎么回事！”
“我的主人，时空运行受到了扰动，平行宇宙叠加到基准时空了，眼前这个时空，是您的夫人穿越到明初下西洋时改造出来的平行宇宙……”
刘元眉头紧皱，“为什么会发生这种情况？”
伏牛山地下的主脑培养皿，无数闪电在营养液中此起彼伏，表示主脑正在进行全功率运算，良久才输出结果，“多个平行宇宙破坏了时空的稳定性，时空连接变得脆弱不堪，刚才经过混沌运算，您输送到三千年前的那批家族子嗣，他们所创建的文明被毁灭了，连带着那个平行宇宙被强行扭转回基准时空轨道，这破坏了原本就脆弱不堪的时空体系，引力波正在不断叠加，整个时空体系要崩塌了。”
主脑的声音带着毫无感情色彩的冰冷，刘元脸上露出一抹厉色，“既然如此，准备穿越舱，我带人去把那群老鼠干掉！”
话音刚落，一阵耀眼的白光在办公大楼外闪过，刘元不明所以，扑到窗边，准备一探究竟，一阵巨大的震动紧随其后，让猝不及防的他摔了个狗啃屎。
“又是怎么……”
刘元只问了半句就不出声了，透过单向超大落地窗，他看到整个朱雀城变了样，充满科幻色彩的建筑物不见了，巨幅全息投影，在半空中翱翔的鲸鱼海豚也不见了，取而代之的是一种似曾相识的老旧感，是没有X公司科技加持下，国内三线城市市中心的那种布局氛围。
难道X公司也没了？
刘元脑海里刚浮现出这个猜想，刚才的变故也有了后续，无数的人在大街上狂奔，不时有一串串的人群跌倒，落地窗有很好的隔音效果，刘元听不见人群的喊叫声，但傻瓜也能看出发生了什么变故，而刚才闪光的源头，他也找到了，远处腾起一道烟柱，那是朱雀生物研究所的方向。
惊疑充斥了刘元的内心，他忍不住了，一掌击碎了整个落地窗，飞到半空中眺望，杨平凡的基因被他融合到自身内部，现在的刘元也和杨平凡一样，拥有了全套的基因解锁能力。
铺天盖地的惨叫声形成巨大的声浪，冲击着刘元的耳膜，正当刘元准备飞过去看个究竟的时候，一个声音在耳边响起，“是不是觉得似曾相识？”
噼里啪啦！轰！
刘元被吓得放出了闪电大招，一张电网将自己围住，飞出一段距离后，看向声音传来的地方，“是你！”
杨平凡和刘元一样悬浮在空中，进化到极致，外在的翅膀可以隐形起来，两个互相对立，就像遗世独立的神仙。
不等刘元发文，杨平凡自顾自说起来，“还记得我们在哥谭执行完任务后，坠落的那个末世时空吗？现在蹿到基准时空的，就是那场末世的起因，这个时空已经被扭曲了，我也告诉你起因是什么，X公司掌握了最先进的生物基因技术，引起了花旗国的觊觎，他们通过各种手段，强行收购，封杀，抹黑，绑架等等方法都没能控制或者扼杀X公司后，于是他们急眼了——
花旗国的生物实验室一直有进行基因武器研究的项目，这次他们受命研制一种针对东亚人种的病毒武器，然后通过冷冻海鲜的方式偷偷运进明国，确实如他们病毒战专家所料，这种武器引起的传染病在明国开始流行。
按照剧本，等传播到一定程度的时候，花旗国就会“适时”拿出疫苗，来和明国做交易，可惜人算不如天算，病毒武器在明国迅速被遏制住，反倒开始回流花旗国，并且在传播过程中，迅速发生变异，对人类进行无差别感染。
花旗国私底下准备的疫苗在变异的病毒面前毫无作用，并且因为本国腐朽落后的体制，造成感染和死亡的人数迅速攀升至一个恐怖的数字，直接动摇了花旗国的社会基础，眼看就要陷入崩溃之中，为了转移矛盾，花旗国的狂人总统唐纳德秉承着同归于尽的疯癫精神，向明国发起全面打击……”