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一连三天过去了，石年看起来非常疲惫，时刻守护在公孙轩辕身边。女娲来到切近问道：“如何？”
石年叹口气道：“性命是保住了，只是公孙轩辕五脏六腑全部震碎，恐怕一身的修为荡然无存。再者身体恐怕很难恢复，将来只能成为草木一样的人了。”
女娲点点头道：“接下来交给我吧！你去好好歇息。”
石年摇摇头道：“母亲，你有法子吗？”
女娲点点头，转身来到外面从地上取来一堆黄土，接着又让人打来干净的水，然后开始和泥。
炎帝看着问道：“母亲这是何意？”
女娲讲到：“我先前塑捏泥造人，对于身体的问题交给就行了。”
听女娲一说炎帝才明白过来，原来早已忘了女娲造人的事。这下看来公孙轩辕有救了，只见女娲将公孙轩辕的胸膛漏出来，做好准备。然后自己用手中的泥捏出心脏，吐出一口仙气赫然将泥捏的心脏吹活，瞬间变成了一颗真正的心。然后割开公孙轩辕的胸膛将原先的破碎心脏取出，把新做的心脏安上去。
接着依次是肝脏、脾脏、双肺、肾脏。再是胃肠和骨头，不一会就将人体所需的所有东西都造了出来安装上去。
到了最后女娲从自己的储物手镯内取出来一颗妖丹，炎帝一看这妖丹分明是那东海鳌鳖的妖丹，拥有千万年的法力含在其中。难道……
炎帝猜想的不错，只见女娲兰花捻指将妖丹捏在手上。比之刚刚拿回来的妖丹已然变小了许多，但看起来更加的精纯。女娲右手持妖丹，左手之上发出一道光华将妖丹罩在其中。意欲将妖丹之中的所有杂质去除，好使得公孙轩辕完全吸收。
等将妖丹收拾完毕之后再缓缓地放在了公孙轩辕的小腹之中。最后将胸前皮肉合拢，吹一口仙气让皮肉修补如新，这样算是结束了一场法事。
炎帝急忙过来查看公孙轩辕的脉搏，果然平稳了不少。但是还不是很安全，只等着公孙轩辕的身体完全接受了这些内脏和那妖丹才算是彻底恢复。
随后女娲让炎帝赶紧去休息，自己在这里继续将公孙轩辕的手腿一并做好，然后让炎帝再给调理。
炎帝答应后便去休息，女娲又用泥做出腿脚和手臂给公孙轩辕换上。再催动自己的法力放出温和的光华将公孙轩辕全部罩住，唤起身体生气。然后再把妖丹中的元气释放出来，游走于公孙轩辕的身体里面。这一下瞬间让公孙轩辕的法力直接突破掉各个屏障，直接步入了修炼的最高境界，上神的境界。
第二日，炎帝醒来后急忙来到公孙轩辕屋中。再见公孙轩辕只见满面红光，看去生机勃勃，哪里像是前几日惨白模样。好似公孙轩辕是在假睡，并没有那一场塌天大祸。
见到石年过来，女娲微微一笑道：“接下来就交给你了。”
炎帝答一声好，这才着手查看公孙轩辕的身体情况，接着开始配置药物。一直到了下午公孙轩辕这才悠悠转醒，女娲和石年这才放松下来。整个有熊氏也都为之兴奋起来，大家相走奔告将这个好消息传递出去。
公孙轩辕一醒来见炎帝倒还不怎么意外，凡是族中受伤的人醒来第一眼总是能够看到炎帝的身影，但看到女娲后公孙轩辕猛然吃惊说道：“我是死了么？为何我看到了师傅……”
女娲宠溺的看着公孙轩辕，炎帝笑道：“别说这丧气话，你活的好好的。”
公孙轩辕不可置信呆呆看着女娲，突然哇的一声哭了起来。与石年一样，这份思念不可谓不深。公孙轩辕哭着道：“师傅！你上哪了！百忍想师傅……”
女娲一手抚摸公孙轩辕一手摸着炎帝，左右看看微笑道：“我和哥哥出去散散心，知道你们过得不容易，早就想回来看看，但是哥哥总是劝我说不要管太多，你们自己会成长起来。直到这一次我下在公孙轩辕身上的防御禁制触发，知道出了危险这才急忙赶过来。未曾想到竟然差点丢了性命……”
女娲看着两个孩子心理不由得一阵发酸，好半天才缓过神来。无意间见公孙轩辕的衣服上有块发亮碎片，拿起来一看发现是五彩石的材质，心中一惊问公孙轩辕道：“你的白虹宝剑呢，拿出来给为师看看。”
公孙轩辕将头低下，有愧说道：“弟子无能，宝剑被人打破了……”
女娲叹口气说道：“刚到这里看见你那番模样，当时就想揪出来是何人所为欲要为你报仇。此时见你安好了，那么一切事情还是交给你自己处理吧，为师不能时时都在你左右看着你，总有一天你要自己长大、独立。”
说这话女娲从手镯中取出一柄宝剑。一柄通体乳白，镀金雕花剑身，白玉剑柄、银色丝绸剑穗。虽然看去没有那么的光华烁烁，但是其剑刃的锋利程度令人胆寒，好似看一眼就会被割伤。
女娲对其言道：“为师在外游玩之时偶得一件七彩石，比之五彩石更是珍贵不少。特意炼化成神兵利刃给你使用，如今你的兵器破裂，刚好拿这把剑替补你的那把白虹宝剑。名字我已经想好了，就叫轩辕剑！”
公孙轩辕将剑接过来，看起样式就喜爱的不得了，眼望女娲感激涕零连忙称谢。
又见女娲当着炎帝的面将一面和蚩尤一模一样的小旗拿了出来，炎帝一见顿时疑心起来，这九黎族旗怎么到了女娲手中，莫非母亲已经去过陈地把蚩尤给……
还不等炎帝胡思乱想，只听女娲道：“此旗本来是一面的，你师伯他和我商议将此旗一分为二。如今你师伯那里有一块，我这里也有一块。原是我们九黎族的族长令旗，如今我就将这一面交给你。”
然后女娲将手中的令旗交于了公孙轩辕，转头对炎帝道：“孩子，如今你虽然是族长，但娘亲我猜想你并没有族长令旗吧？”
炎帝苦笑着摇摇头，又听女娲道：“两面旗子都没有在你手中，说明你无缘做九黎族的族长。这次我来之前你父亲交代一切都无需干涉，顺其自然。眼下你们虽然不跟我说，我也猜想个八九不离十。想来今后族长会有一场大乱，孩儿，你准备作何打算？”
炎帝道：“我虽然被大家公推为族长，那也是看在我有救扶苍生的志向。如今族长之位被夺，我不能就此罢手。做不成族长之位我便跟随轩辕哥哥一起把那篡位的贼子杀了，以谢天下。我看轩辕哥哥聪明过人，又善会治理部族，我看族长之位给哥哥做是再好不过的了。而我功成之时便和母亲父亲一起隐退山林。”
女娲默然的点点头道：“今后恐怕会有不少的恶仗，你们二人能够齐力一心我也就放心了。我祝福你们能够成功！”
随后女娲再这里又住了一日，给他们二人分别种下防御禁制，又赐了两身铠甲护身。帮助公孙轩辕将妖丹吸收之后又观看了公孙轩辕渡过天劫之后，这才放心的离去。自此公孙轩辕一跃成为了天神的修为，比之蚩尤的佛境修为整整高出了两个大阶。再来一战，胜负就难以预料了。
而蚩尤这边打败了公孙轩辕，将自己的弟兄们移到了陈地。心中虽然有愧与炎帝，但为了能够保住九黎族，牺牲自己的名誉又算什么。随后昭告天下，九黎族的族长之位由原来伏羲族长之子蚩尤继承。
又命人将炎帝请来，做传位仪式。炎帝虽然不情愿，但是迫于公孙轩辕还未完全恢复，自己又打不过蚩尤。更况且蚩尤手握族长令旗，只好勉强答应下来以作权宜之计。
各路的神魔齐聚，十位祖巫和九黎族的部落有头有脸的人物都纷纷前来祝贺。
次日正晌午时分，只见蚩尤身穿草衣，左手持锄头右手拿镰刀。赤脚登上祭坛，做法事以谢天下。然后由炎帝拿着族长令旗转交给蚩尤，这才完成登基仪式。
接着蚩尤手持族长令旗，目空一切高举头颅。指着苍天高声说道：“今日我蚩尤作为族长，昭告天下。选拔族中大将军为……”往下方看去，手指刑天。
刑天见蚩尤突然回来，而且瞬间成为了族长。自己和其他的神魔一样一头雾水，心中稍有不愤之意。原本自己和炎帝的关系最好，蚩尤虽然关系也好，但不及和炎帝。蚩尤突然从妖族回来就登基成为族长，难免不服众。此时见蚩尤要封大将军，手指自己那意思很明显要自己做他的阵前大将军。便很不情愿，立马摇头。
本来刚要出口说封刑天，见刑天面色不善，蚩尤心中打鼓。情急之下将令旗指在旁边的夸父身上道：“夸父！”
大家都以为会选刑天，见蚩尤突然叫出夸父的名字，顿时一片错愕。再看夸父也是一脸的不可置信，自己自从被伏羲收编之后就一直不得到重用，只是因为自己乃是外族收编进来。此时突然让自己做军队的大将军岂能不高兴，内心激动的无可无不可。立马深吸一口气踏步上台。