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正当北方积极备战准备大举进攻的时候，南京的南明朝廷却混乱一场。
本来史可法亲临扬州，稳定了忠于南明的大臣们在军事上的地位；但他过早离开朝廷却加速了一场政治危机的到来。因为史可法不在朝中，所谓“正人君子”便缺少一位足以同马士英及勋贵集团抗衡的强有力的人物。
马士英本来是驻守信阳的，可是他并不甘心仅仅做一个藩镇，这位1619年的进士在掌握兵权以后野心迅速膨胀，但他本人并无足够的军队来成大事，然而在朝廷勋臣中，马士英很容易就找到足了够的同盟者，其中最重要的是：操江提督诚意伯刘孔昭、南京提督忻城伯赵之龙。这些勋臣都是帮助朱元璋创建明朝的将军们的后裔，他们对文官当权心怀不满，将朱慈烺视为自己的保护人，将马士英视为强大的盟友，希望恢复其家族自明初便已失去的某些权力。
双方一拍即合，很快的马士英就带着大量的钱财来到南京拜谒各种官员，也开始结党营私，和他的同盟者们商量如何铲除东林党。
自从北京的高级官员纷纷涌入南京以来，大批东林党人也在北京陷落后云集南京。其中不少人，包括原来在崇祯时受到排挤的官员，此时颇受人们的欢迎，并被授以高位。
在弘光皇帝的五位大学士中，至少有两人——张慎言和姜曰广——是众所周知的东林党人。两位左都御史徐石麒和刘宗周也明显地属于“正人君子”一党：前者曾因支持黄道周而受到魏忠贤的指控和迫害；后者的名字即是东林党所追求的刚正不阿精神的象征。实际上，刘宗周接受弘光朝廷的职位，将意味着对朝廷贤明的认可，并进而证实其权威的合法性。
但当弘光帝登基之后，这位思想家决定不在朝为官。事情的起因在于新的科举考试，为了巩固自己的地位迅速招揽门人形成势利以马士英为首的保守集团即勋贵集团（主要包括各种皇室成员和历代世系的爵爷）操纵了这次科举考试，这其中最为关键的人物就是陈子龙。
自从受到皇帝的重用以后，陈子龙深感自己势单力薄，与史可法他又格格不入，因为从前的底子不干净使得他觉得史可法等人总是高他一头，所以当马士英向他抛出橄榄枝的时候他欣然接受。
陈子龙不是傻子，他深知这次科考的重要性，毕竟这是朝廷南迁之后的第一次开科考试，同时这一次录取的文人也将会在今后的政权中作为中坚力量，所以掌握这些人才是至关重要的。而由于皇帝的信任他得到了监考官的职权，这也正是马士英频频向他招手示好的原因所在。
陈子龙深知自己的地位和能量，从他当初投靠魏忠贤的那一刻起，读书人的礼仪廉耻已经都不重要了，他最看重的就是权利，有了权利就有了一切。因此他费尽了心机才偷到考试试题，并且将之有选择性的告诉了马士英等人，同时也召集了一些自己的门生故旧以及昔日“志同道合”的同窗，进以辅导，结果揭榜之日就成了马士英和陈子龙等人最兴奋的日子，他们这一系全线飘红，而东林党人大多名落孙山，即使有考中的名次也不靠前。
对于中了进士乃至状元的这些人的学识，刘宗周一清二楚，他完全看出了这其中的猫腻，但是却很难找到罪魁祸首，毕竟主考是张慎言和姜曰广，他们是绝对不可能出现问题的，而陈子龙则没有这种机会，并且这个年轻人一项老老实实（陈子龙深知枪打出头鸟的道理，所以做人很低调，他和马士英的联络都是秘密进行的）。对于这样的难题刘宗周解决的办法倒是很简单，就是要求重新考试，但是这无疑是有损皇帝的威严的，马士英等人以此为由力阻。年幼的朱慈烺是很容易受人左右的，尤其是史可法不在朝中，马士英等人的气焰立时嚣张，所以他没有同意刘宗周的意见。
或许是为了换取皇帝的重视吧，刘宗周决定以罢官相威胁，6月23日，他回绝了弘光帝请他出任左都御史的任命，返回了绍兴老家。7月11日，大概是在得知皇帝不允许其推辞之后，他又离开了家乡来到杭州。他三次上疏，不指名地谴责了皇帝周围的一些大臣。而后，来到南京东面的丹阳，等待皇帝对其奏疏的答复。就在这一时期，他为自己取号为“草莽孤臣”，以此表
明对已故皇帝而不是对建立南明的当今皇帝的忠诚，这一举动，很容易被马士英以“妄自尊大”的罪名加以指责，甚至可以因其不愿到弘光朝廷作官，而被指责为大不敬。刘宗周这种除非皇上接受其建议，否则不愿入朝为官的态度，可以被视为对马士英或弘光帝本人的傲慢不恭，但对那些将其奉为楷模的“正人君子”来说，却有着重大象征意义。
一时之间由科举而引起的纷争骤然而起，因为东林党无法向马士英那样取得军队的支持，为了否定这次科举他们别无选择，只好使出他们最拿手的政治手段：通过对官吏的铨选和品评来控制文官。大学士、东林党人张慎言已是吏部尚书；另一位东林党人，兵部左侍郎解学龙又推荐黄道周作吏部左侍郎，与张慎言呼应。
通过这一任命，东林党人掌握了人事大权。于是，他们立即着手将其支持者安插于要职。例如：解学龙提议让黄道周的最重要的政治盟友叶廷秀任户部主事。
这种情况下马士英自然不甘落后，他也迅速行动起来，一方面他坚持肯定科举的必要性和公正性，以使得自己的党徒窃据要职，另一方面对东林党人试图占据政府重要职位的努力进行反击。他阻挠对叶廷秀的任命，提议召勋臣刘孔昭入阁，使之成为第六位大学士，从而转变朝廷最高层权力分配的现状。
由于刘孔昭非科举出身，又由于勋臣担任大学士从无先例，吏部尚书张慎言轻而易举地否定了这一任命。刘孔昭大怒，立即作出反应，推荐马士英为大学士，这一举措立刻得到皇帝的批准，马士英轻松的挤入内阁。
1634年6月27日早朝时，刘孔昭又在勋臣赵之龙支持下，当着皇帝的面，对张慎言进行突然袭击。他指责张慎言拒绝任用勋臣武将，而以推荐吴甡、郑三俊等勾结李自成的罪臣为官的方式图谋反叛。他还指责张慎言利用吏部的任免之权，在朝中安插亲信，而被安插者又都与东林党过往甚密。最后，这位勋臣对张慎言进行了人身攻击，叫骂道：“皇上张慎言排斥武臣，结党行私，非杀此老奸不可”
整个朝堂上现在都一下子静了下来，随着刘孔昭此言一出整个明争暗斗的党争变得白热化和公开化，张慎言听到这话简直怒不可遏，只见他的胸部剧烈起伏，沉重的呼吸声很多人都听得到。
“皇上，既然刘大人说臣排斥武臣，结党行私，非杀臣不可，那么臣请辞吏部尚书一职，至于皇上杀不杀臣，还请皇上决断，君要臣死，臣不得的不死！”最后的这几个字说的掷地有声，那分明就是给小皇帝看的，这完全就是和刘宗周走的一个路子，逼小皇帝就范。
“皇上，臣等也请辞！”刘宗周话音刚落，高弘图与姜曰广也同时出列要求辞职。
“众位爱卿，何苦如此呢，如今国家正值危难之际，用人之时，爱卿都是两朝元老了，当以国家社稷为重，刘大人不过是话说重了一些，你们大可不必在意！”小皇帝试图以国家面临的危难及他们在朝中的重要地位来说服他们。对此，高弘图虽毕恭毕敬，但仍坚持己见：
“皇上，臣非为这一点小事辞官，而是臣反对如此不公地对待张慎言张大人，因为正是张大人任用了像刘宗周、黄道周这样的正直之士。而此次科举却是选人不当应当重新考过，张大人不过是尽自己的职责罢了，却被诬为排斥武臣，结党行私，这实在是不公，值此动乱之秋，朝廷应适时而变，尤其是任免大学士这样的高官，应按先帝旧制进行，由九卿会议决定，而不能由一二人专权。既然连这些都做不倒还有和公平可言，臣这官不做也罢！”
高弘图所要求恢复的是一种集体协商的选官制度，即由皇帝召集朝廷大臣对被选人的优缺点进行评议，而后再决定任用与否。这是崇祯以前的制度，后来因为党争被崇祯废除了。如今，新皇帝已经登基，高弘图及其他正人君子的领袖们自然是希望恢复过去的制度，并企望由此恢复朝廷大臣的权力，摆脱由皇帝和权臣议定任免大臣的选官方法。因为这种旧有的方法虽有利于皇帝和权臣，却势必削弱六部言官及内阁的权力，失去公信力以及监督。
而另一方面，马士英心底已经暗笑，在他看来这些书呆子们根本就不配玩政治，他最乐于见到的就是这种情况，这种正人君子们因为所谓的气节威胁皇帝，殊不知在这个年龄的人都有一种逆反心理，尤其是像朱慈烺这样的刚刚继位的小皇帝，对权力的欲望是很大的，他看好的也正是这一点，才主张进一步强化皇帝和权臣对官吏的任免权。
“皇上，万万不可啊，用人应当以皇上您的判断为主，同时有科举输送贤能的人才，这样何愁我大明的江山不稳呢，用个别官员的例子责怪整个朝廷是不恰当的，也是不公正的。高弘图等人漠视朝廷，也漠视皇上的威严应该得到处罚，否则还哪里有皇上您的权威啊！”马士英话音一落高弘图立刻反驳说道：
“公开评议的选官制度有何不好，我认为这才是是公道的，经过群臣会议推荐不更光明吗？总比某些人在背后偷鸡摸狗的营私舞弊要好吧！”
“你说谁营私舞弊，高大人你可要把话说清楚，否则我告你诽谤诬陷朝廷大臣之罪！”马士英立即反攻，表面上双方争论的是选官公正与否的问题，而实际上，问题的焦点在于究竟实行什么样的选官制度。
这一天的争论并没有得到什么结果，皇帝还是接受了张慎言的辞呈，于是，张慎言离开了朝廷，而高弘图与姜曰广的辞呈没有得到皇帝的批准，两人不得不接着干下去。
很明显马士英成功了，他的第一步计划已经成功就看下面的了，马士英坚持主张废除经九卿评议选任大臣的制度是有目的的。他希望他的老朋友和支持者阮大铖进入南明政府；他又深知要实现这一不得人心的甚至荒谬的任命，必须避开廷议，而直接取得皇帝的诏令。
阮大铖自“南都防乱公揭”传出后，一直过着隐居的生活。他闭门不出，对那些轻蔑地摒弃他的人恨之入骨。清军攻占北京和南明政权建立，对他来说，似乎是一次政治机会——因为一些反对过他的东林党成员投降过大清，现在又有更多的人投考我的政权，这使东林党的声誉受到损害。同时，他的好友马士英又成为南明政权中的重要人物。于是，阮大铖奏上一道很长的“孤忠被陷之由疏”，表示愿为弘光帝效忠。疏中声称，他曾私下劝阻其他人追随魏忠贤，后来仅在1624年的很短一段时间内，与逆党魏忠贤共事，此后他虽然得到一个官职，但只干了70天就隐居回乡了。
在这孤傲、寂寞的放逐生活中，阮大铖又遭到东林党恶毒诽谤，然而（在某种意义上，这是阮大铖打动朱慈烺的最重要的一点）正是这些曾攻击他与一位皇帝宠臣勾结的人，竟为实际上杀死了皇帝的异族效力（在阮大铖眼里辽东及朝鲜政权也算作是异族，而我则成了不折不扣的民族败类）。换句话说，许多过去的东林党人成了为我服务的“伪官”。阮大铖质问道：究竟谁是真正的忠臣？是站在弘光帝立场上的他，还是那些“贰臣”？
这道奏疏最初在反对阮大铖的官员中没有产生什么影响，因为这些官员一直在南京任职，从未考虑过要对北京的同僚加以区别。但在1634年7月9日马士英提名阮大铖任兵部右侍郎时，吕大器上疏怒斥：
先帝血肉未寒，爰书凛若日星，而士英悍然不顾，请用大铖。不惟视吏部如刍狗，抑且视陛下为弁髦。
从7月12日到7月20日，其他官员的奏章也雪片般地飞来，群起攻击阮大铖并抨击这项提名。远在扬州的史可法也对此事有所了解，他认为，阮大铖入朝，会使十多年前的的党争重演，所以也对阮大铖入朝强烈反对。
但马士英及其同党并未退缩，刘佐良从其驻地上疏弹劾吕大器“图谋不轨”，以此迫其辞职，朝中，姜曰广和高弘图则不再参加内阁议政，并随即一起辞职。由于这些人离开了朝廷，某些重要官员又被收买，马士英终于在9月30日成功地得到了皇上的诏令，直接任命阮大铖为兵部添注侍郎。
此次党争以马士英的等人的胜利和阮大铖入兵部而暂时宣告结束，但是一切远远没有就这样停歇，党争已经白热化并且愈演愈烈。
当我从朝鲜回到北京的时候，得到了关于南京政权这次纷争的全部信息，心中不由得感叹，都什么时候了，南明朝廷还这样党同伐异，当真是老天都要亡明啊！毕竟紧靠史可法这样的几个忠臣是无法力挽狂澜的，更为悲哀的是为了尽早平定天下，我不得不使出阴谋伎俩帮着马士英算计这些“正人君子”们。
正人君子，什么是正人君子呢，我肯定不是了，但是姜曰广和高弘图他们就算是正人君子么，这些人太不知道变通了，更不知道手腕灵活，假如他们脑子活络一些绝对不是这种结果的。
感叹归感叹，阴谋诡计还要照样进行，不能因为我的同情就停止了征战天下的步伐，对于我来说南明朝廷是越乱越好，那些没用的弄臣们官是越做越大才好。
悲哀啊，这个时代并不需要正人君子！